gromacs ngmx_GROMACS使用教程要点

1

GROMACS

教程

一

Gromacs

基本模拟流程

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3

1

下载

pdb

文件

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3

2

用

pdb2gmx

处理

pdb

文件

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3

3

建立盒子

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3

5

设置能量最小化

.................................................................................................

4

6

用

grompp

程序进行文件处理

..........................................................................

6

7

使用

genion

和

tpr

文件添加离子

...................................................................

6

8

用

fws_ion.pdb

来产生能量最小化的输入文件

.

..............................................

6

9

在后台运行能量最小化(在命令后加

&

)

.....................................................

7

二

设置位置限制性动力学模拟

..................................................................................

7

三

设置非限制性动力学模拟

......................................................................................

9

1

如何重启一个计算

........................................................................................... 11

2

如何延长一个计算

........................................................................................... 11

3

如何设置并行计算

........................................................................................... 11

五

模拟结果分析

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12

1

如何将特定帧的轨迹保存成

*.pdb

文件

.........................................................

12

2

用

ngmx

观察轨迹文件(也可以用

VMD

观察轨迹文件

)

.

..........................

12

3

比较常用的分析工具

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14

3.3 g_covar

计算斜方差

.

..............................................................................

16

3.4 g_energy

能量数据作图，如压力、体积、密度等

.

..........................

16

3.5 g_gyrate

测量回旋半径

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17

3.6 g_rms

与

g_rmsdist

计算结构的

RMSD

值

...................................

17

3.7 g_rmsf

计算原子位置的根均方波动(

rmsf

)

.

................................

18

3.8 do_dssp

计算模型的二级结构

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20

3.9 g_hbond

计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度

........

21

3.10 g_saltbr

分析模拟中残基间的盐桥

.

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21