1. 挂载共享文件夹
sudo vmhgfs-fuse .host:/ /mnt -o nonempty -o allow_other
2. 取消周期性边界
gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o md.xtc -pbc whole
xtc转成pdb(SDF的travis输入文件)
gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o sdf.pdb -b 0 -pbc mol
3. 计算自扩散系数msd
gmx msd -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -o msd.xvg
4. 计算相互作用能
gmx grompp -f prd.mdp -c eql2.gro -p mix.top -n index.ndx -o md1.tpr -maxwarn 100
gmx mdrun -deffnm md1 -v -rerun prd.xtc -ntmpi 1
gmx energy -f md1.edr
5. 计算密度
gmx energy -f prd.edr -o density.xvg 回车
23 0
(输入想要计算的量的序号,空格,0,再回车)
(计算压力平衡条件下的)
6. 添加组
gmx make_ndx -f prd.gro
会出现以下:
0 system
1 other
2 ALZ
3 BLZ
4 DLZ
举例说明:输入 a H2 & 3 + 回车
(其中,a表示对原子进行编组,H2代表BLZ中第2个氢原子,3则代表BLZ,结果体系中所有的BLZ都被划分为第五组,以此类推)
添加完组之后,点 q + 回车 即可完成添加组
7. Radial distribution function (RDF)做法
gmx rdf -s prd.tpr -f prd.xtc -n index.ndx -o rdf.xvg
Group number + 回车
Group number + 回车
Control + Z结束命令,+回车
(Windows系统中的结束命令是Ctrl+Z)
xmgrace -nxy rdf.xvg (虚拟机中使用)
8. Spatial distribution function (SDF) 做法-在travis插件中完成
1、xtc转成pdb(SDF的travis输入文件)
gmx trjconv -f prd.xtc -s prd.tpr -o sdf.pdb -b 0 -pbc mol
输入 0,表示选择整个体系
2、将生成的SDF文件放到travis文件夹中,点开Travis.exe,运行拖入sdf文件,然后按照提示进行操作
选中心分子(参考分子),然后选中心分子上三个不在一条线的三个原子作为参考
再选要观察的分子,选择*,即观察这个分子的所有原子