GROMACS后处理-RDF,SDF操作步骤

1. 挂载共享文件夹 

sudo vmhgfs-fuse .host:/ /mnt -o nonempty -o allow_other

2. 取消周期性边界      

gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o md.xtc -pbc whole     

xtc转成pdb（SDF的travis输入文件）

gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o sdf.pdb -b 0 -pbc mol

3. 计算自扩散系数msd

gmx msd -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -o msd.xvg

4. 计算相互作用能

gmx grompp -f prd.mdp -c eql2.gro -p mix.top -n index.ndx -o md1.tpr -maxwarn 100

gmx mdrun -deffnm md1 -v -rerun prd.xtc -ntmpi 1

gmx energy -f md1.edr

5. 计算密度

gmx energy -f prd.edr -o density.xvg   回车

23 0

（输入想要计算的量的序号，空格，0，再回车）

（计算压力平衡条件下的）

6. 添加组

gmx make_ndx -f prd.gro

会出现以下：

0  system

1  other

2  ALZ

3  BLZ

4  DLZ

举例说明：输入  a H2 & 3   +  回车

（其中，a表示对原子进行编组，H2代表BLZ中第2个氢原子，3则代表BLZ,结果体系中所有的BLZ都被划分为第五组，以此类推）

添加完组之后，点 q  + 回车 即可完成添加组

7. Radial distribution function (RDF)做法

gmx rdf -s prd.tpr -f prd.xtc -n index.ndx -o rdf.xvg

Group number + 回车

Group number + 回车

Control + Z结束命令，+回车

（Windows系统中的结束命令是Ctrl+Z）

xmgrace -nxy rdf.xvg (虚拟机中使用)

8. Spatial distribution function (SDF) 做法-在travis插件中完成

1、xtc转成pdb（SDF的travis输入文件）

gmx trjconv -f prd.xtc -s prd.tpr -o sdf.pdb -b 0 -pbc mol

输入 0，表示选择整个体系

2、将生成的SDF文件放到travis文件夹中，点开Travis.exe,运行拖入sdf文件，然后按照提示进行操作

选中心分子（参考分子），然后选中心分子上三个不在一条线的三个原子作为参考

再选要观察的分子，选择*，即观察这个分子的所有原子