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生物科学领域中,对蛋白质的研究与分析可谓必不可少,如何利用蛋白质数据库灵活高效地分析实验中的目的蛋白,是实验成功的关键!
如何在成千上万的差异蛋白中进行筛选?
如何研究蛋白质序列、功能、结构、修饰?
如何查找目的蛋白相关文献?
今天小优就带大家入门学习三个蛋白组学数据库的应用,帮助大家提高实验效率!
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01、 UniProt数据库
蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
那么如何利用如此强大的工具查询我们的蛋白质信息呢?
1. 在浏览器中输入https://www.uniprot.org/打开UniProt页面,在顶部搜索栏中输入蛋白质名称或编号,根据需要选择数据库和高级筛选后,点击search即可进入搜索结果页面。
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2. 以人源PD1蛋白为例,进入蛋白详细信息界面后,可以首先看到PD1蛋白的[Function]即功能介绍,该板块总结了PD1蛋白的基本功能和主要参与的生物学过程,可点击其中对应的超链接查询参考文献。
之后是[Names&Taxonomy]即名称与分类板块,这里介绍了PD1蛋白的命名和来源种属、NCBI分类编号、分离族谱、种属详细信息、蛋白组学信息等。
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3. 接下来的几个板块和我们的蛋白实验息息相关,包括[Subcellular location]亚细胞定位、[PTM/Processing]翻译后修饰、[Expression]表达情况、[In