python双除_python分析单细胞数据，多细胞去除的模块

hi，各位道友，上次我们介绍了R包DoubletFinder用于去除多细胞那么python是否也有类似的模块去除多细胞呢，答案是有的。这次我们就来使用一下python模块去除多细胞

Scrublet

Single-Cell Remover of Doublets

Python code for identifying doublets in single-cell RNA-seq data

给定一个原始的(未归一化的)UMI，以细胞为行，基因为列的矩阵counts_matrix计数，计算每个单元的多细胞得分。

import scrublet as scr

scrub = scr.Scrublet(counts_matrix)

doublet_scores, predicted_doublets = scrub.scrub_doublets()

scr.scrub_doublets()从观察到的数据模拟双峰，并使用k最近邻分类器为每个转录组计算一个连续doublet_score(介于0和1之间)。 分数将自动设置为阈值以生成predicted_doublets，这是一个布尔数组，对于预测的doublets为True，否则为False。

最佳做法：

一、处理来自多个样本的数据时，请分别对每个样本运行Scrublet。 因为Scrublet旨在检测由两个细胞的随机共封装形成的多细胞捕获，所以它在多个样本的合并数据集上可能表现不佳(原因大家都懂的)。

二、检查doublet分数阈值是否合理(在理想情况下，如本例所示，将双峰模拟doublet分数直方图的两个峰分开)，并在必要时进行手动调整。例子在本文的后面展示。

三、可视化二维嵌入中的多细胞预测(例如UMAP