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通过RSEM我们获取了样本中每个基因的counts和表达量,接下来使用tximport校正不同样本间基因长度的差异。
## 安装R包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("tximport")
## 加载R包
library("tximport")
安装好R包后,准备两个输入文件:
sample.txt:第一列为样本名,第二列为处理方式,以制表符Tab分隔。
![af6df18c29e31195fb88efdd8961ab44.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/7203dc2d4586d056210b91bb9bc93d2f.png)
gene_trans.txt:第一列为转录本ID,第二列为基因ID,以制表符Tab分隔。
![20d59013d627a91c07b07e8d50c0891f.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/d758df74e31ecceeff5f92877373ff23.jpeg)
准