差异表达基因变化倍数_转录组分析 | 使用DESeq2进行基因差异表达分析

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通过RSEM我们获取了样本中每个基因的counts和表达量,接下来使用tximport校正不同样本间基因长度的差异。

## 安装R包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("tximport")
## 加载R包
library("tximport")

安装好R包后,准备两个输入文件:

sample.txt:第一列为样本名,第二列为处理方式,以制表符Tab分隔。

af6df18c29e31195fb88efdd8961ab44.png

gene_trans.txt:第一列为转录本ID,第二列为基因ID,以制表符Tab分隔。

20d59013d627a91c07b07e8d50c0891f.png

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