matplotlib实现数据可变_rMATS进行差异可变剪切分析并可视化

可变剪接(Alternative splicing；又称“选择性剪接”)是一种在真核生物中非常普遍的基因表达方式，具体表现为一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA，从而在不同的时空环境和状态下形成不同的蛋白质，执行不同的生物学功能。常见的可变剪接软件包括rMATS，Asprofile以及miso等。本文主要介绍rMATS软件的使用，并对结果利用rmats2sashimiplot可视化。

rMATS是一个从RNA-Seq数据中检测差异选择性剪接事件的计算工具，根据RNA-Seq数据，rMATS可以自动检测和分析与所有主要类型的可变剪接模式相对应的可变剪接事件。rMATS可识别的可变剪切事件有5种(Figure1，http://rnaseq-mats.sourceforge.net/):

1)Skippedexon (SE) 外显子跳跃

2)Alternative5' splice site (A5SS) 5’端可变剪切

3)Alternative3' splice site (A3SS) 3’端可变剪切

4)Mutuallyexclusive exons (MXE) 互斥可变外显子

5)Retainedintron (RI) 内含子保留

Figure 1：rMATS可识别的可变剪切类型

1.分析所需软件

1)Linux操作系统

2)rMATS

3)rmats2sashimiplot

安装使用rMATS需预先安装如下软件：

4)InstallPython 2.7.x and corresponding versions of NumPy and SciPy

5)Downloadand install pysam (rMATS was tested with v0.9.1.4)

6)Downloadand install samtools (version 1.2 or later)

7)Downloadand install STAR (version 2.5 or later)

2.软件下载及安装

1)Python 安装

下载：https://www.python.org/下载后得到文件：Python-2.7.12.tgz，安装过程如下：tar-zxvf Python-2.7.12.tgzcd /software/python/Python-2.7.12./configure--prefix=/software/python/python2712installmakemakeinstallvim ~/.bashrcexportPATH="$PATH:/software/python/python2712install/bin";source ~/.bashrc

Python安装完成后，需要安装如下python模块，python模块一般均可从https://pypi.org/网站下载得到。

NumPy，SciPy，pysam

下面以python setup.py install安装的方式介绍Python模块的安装过程(需要预先安装setuptools模块)。NumPy和pysam模块可以选择该安装方式。

首先下载相关模块文件，以NumPy为例：

下载：https://pypi.org/project/scipy/#files.下载后得到文件numpy-1.16.4.zip，安装过程如下：

unzip numpy-1.