用R做meta分析(附效应量计算神器)

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Hello,
这里是行上行下,我是喵君姐姐~

众所周知,R具有免费、源代码开放,以及出色的统计计算和绘图表现能力等一系列优点,颇受科研人员的喜爱。当然,这些优势在meta分析上也表现得极为突出。

本教程以标准平均差(cohen’s d)作为效应量的meta分析为例进行演示,适用于比较两种实验条件之间因变量的差异。例如“有、无干预条件下社交焦虑程度的差异”、“集中注意、分散注意条件下n-back任务的正确率差异”等等。

简单来讲,实证研究中,可以进行t检验的结果,都可以参考以下教程,对数据进行meta分析。

接下来,我们邀请到FarAway将逐步介绍用R做meta分析的基本步骤。

本文以软件实操讲解为主,如果读者对meta分析的原理感兴趣,推荐以下两本书自行学习。
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1 准备

工欲善其事必先利其器,先来说说准备工作:

  1. 下载并安装R studio,在往期推文中我们已经详细介绍了R和Rstudio的安装教程,按步骤操作即可!

  2. 安装三个工具包:meta、metafor和xlsx

  3. 准备好上述需要进行meta分析的数据,存放在电脑中,以备调用。

为方便讲解,我们引用了《meta分析导论》里的一组数据,如下:
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从左到右,依次是纳入的研究效应量的编号(No)、第一作者的姓名(author)、发表年份(year)、实验组因变量均值(exp_mean)、实验组均值的标准差(exp_sd)、实验组样本量(exp_n)、控制组因变量均值(con_mean)、控制组均值的标准差(con_sd)、控制组样本量(con_n)、效应量(cohen’s d)、效应量95%置信区间下限(lower)、效应量95%置信区间上限(upper)、施测的地区(area)。

从上到下,每一行数据都代表一个原始研究(single study)的一个效应量,如果一个原始研究中包括多个效应量(如:有好几个实验(或成对比较)及其结果),那么每一个效应量应该作为独立的一行列在表格中。

我们注意到,很多实证研究中只报告均值、标准差/标准误、样本量等描述统计结果,并未提供效应量,因此,通常在meta分析前,我们需要自己计算效应量及其置信区间。文末有效应量计算工具的推荐。

2 配置环境和工具包

相信用过R软件的小伙伴一定对工具包的安装不陌生(可参见:

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R语言是一种用于数据分析和统计建模的编程语言,它提供了丰富的工具和包来进行各种类型的统计分析,包括网状meta分析。网状meta分析是一种用于整合具有不同类型和结构的独立研究结果的方法。下面我将详细介绍如何使用R语言进行网状meta分析。 首先,我们需要准备数据。通常,网状meta分析的数据包含每个独立研究的效应估计值和其标准误差。可以使用R语言中的数据框来存储这些数据。 接下来,我们将使用R语言中的`netmeta`包来进行网状meta分析。首先,我们需要安装和加载该包。可以使用以下命令完成: ```R install.packages("netmeta") library(netmeta) ``` 然后,我们需要将数据转换为`netmeta`包可接受的格式。可以使用`netmeta::netmeta_prep()`函数来完成。该函数可将数据转换为`netmeta`包内部的数据结构。 ```R data <- netmeta::netmeta_prep(data) ``` 接下来,我们使用`netmeta::netmeta()`函数来进行网状meta分析。该函数的参数包括数据对象、效应尺度和模型类型等。我们可以通过以下命令运行网状meta分析: ```R result <- netmeta::netmeta(data, measure = "RR", model = "NET") ``` 网状meta分析会返回一个结果对象,其中包括了各研究的效应估计值、标准误差、置信区间以及总体效应估计值和置信区间等。 最后,我们可以使用`netmeta::forest()`函数或`netmeta::net_heatmap()`函数等绘图函数来可视化网状meta分析的结果。这些函数可以生成森林图或热图,以帮助我们更好地理解和解释分析结果。 总而言之,使用R语言进行网状meta分析可以通过安装和加载`netmeta`包,并通过调用相应的函数来完成。这样我们就可以方便地整合独立研究结果以及进行相关的统计分析和可视化了。
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