entrez搜索SRA数据库info

想下载拟南芥一些特定组织的RNAseq数据,通过entrez把各个库的info下载,然后筛选后进行下载

Entrez Direct: E-utilities on the UNIX Command Line

Installation
  cd ~
  /bin/bash
  perl -MNet::FTP -e \
    '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1);
     $ftp->login; $ftp->binary;
     $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'
  gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -
  rm edirect.tar.gz
  builtin exit
  export PATH=${PATH}:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"
  ./edirect/setup.sh

安装后报错:

FAILED TO DOWNLOAD:
xtract.UNSUPPORTED.gz (xtract.UNSUPPORTED.gz: No such file or directory)
gzip: xtract.UNSUPPORTED.gz: No such file or directory
Unable to download xtract executable.

FAILED TO DOWNLOAD:
rchive.UNSUPPORTED.gz (rchive.UNSUPPORTED.gz No such file or directory)
gzip: xtract.UNSUPPORTED.gz: No such file or directory
Unable to download rchive executable.
......

没管报错,直接执行

echo "export PATH=\${PATH}:/home/zorn/edirect" >> $HOME/.bashrc

执行我的搜索:

./esearch -db SRA -query "Arabidopsis thaliana[ORGN]" | efetch -db SRA -format runinfo -mode XML > out.csv
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