GetOrganelle软件从ngs数据中组装线粒体、叶绿体基因组;GeSeq网站注释细胞系基因组

GetOrganelle安装

conda install -c bioconda getorganelle

or download from github

 unzip GetOrganelle-master.zip;
 cd GetOrganelle-master
 python setup.py install
 get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt  #v1.7.0版本后,默认的database需要手动下载,我在这里这下载了植物pt和mt的
 Utilities/get_organelle_config.py -a embplant_pt,embplant_mt

官方测试

下载数据

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz

运行

get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated.2.fq.gz -t 1 -o Arabidopsis_simulated.plastome -F embplant_pt -R 10

我用单核 3.2G内存跑的
Total cost 18665.70 s
Thank you!

GeSeq网站注释

https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html

  • 4
    点赞
  • 13
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 4
    评论
评论 4
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值