分子动力学模拟的一般步骤

1. 给出体系中各原子的初始位置
2. 给定模拟参数
3. 体系初始化，根据初始温度通过Boltzmann分布设定体系中各原子的初始速度
4. 计算作用于所有粒子的动量和作用在其上的力
5. 解牛顿运动方程，计算时间步长后粒子的新位置
6. 计算粒子在新位置下的速度和加速度
7. 重复4-6直至体系达到平衡，继续模拟到给定时间
8. 在模拟过程中等间隔保存原子的坐标，这些信息称为轨线(Trajectory)
9. 分析轨线数据，得到体系的统计性质。