amber使用教程1——搭建虚拟体系之准备结构

MD 模拟的第一部分是构建系统。您将使用的力场类型取决于系统中使用的结构类型以及您有兴趣研究的相互作用。《Amber 手册》详细介绍了力场的类型。输入文件（如 PDB 文件）通常需要修改以确保与 Amber 兼容。以下教程包含了一些有用的模拟设置方法，并展示了这些选择背后的思考过程。通常情况下，在设置系统时越是小心谨慎，就越能获得更好的数据。

本页重点介绍 pdb4amber，它是准备用于 LEaP 的 pdb 文件的推荐方法。

学习成果
了解 Amber 基本信息流程的起始步骤
了解 pdb4amber 命令的基本语法

简介
这不是一篇真正的教程，而是一个旨在强调 pdb4amber 存在的页面。将 pdb 文件加载到 LEaP 曾经有点困难，尤其是 RNA 分子，因为它们有时在 pdb 文件中使用不同的命名规则。 pdb4amber 可以分析和清理 PDB 文件，以便进一步使用，尤其是在 Amber 的 LEaP 程序中。要进一步了解 pdb4amber 命令，请查阅《Amber手册》第 13.4 节。该程序由 Romain Wolf 编写，后来主要由 Hai Nguyen 修改。
LEaP：是在Amber中创建新系统或修改现有系统的主要程序

图1 amber的基本信息流程

要了解 pdb4amber 的功能，请键入

%pdb4amber -h 
usage: pdb4amber [-h] [-i FILE] [-o FILE] [-y] [-d] [-s STRIP_ATOM_MASK]
                 [-m MUTATION_STRING] [-p] [-a] [--constantph]
                 [--most-populous] [--keep-altlocs] [--reduce]
                 [--no-reduce-db] [--pdbid] [--add-missing-atoms]
                 [--model MODEL] [-l FILE] [-v] [--leap-template]
                 [--no-conect] [--noter]
                 [input]

positional arguments:
 input                 PDB input file (default: stdin)

optional arguments:
 -h, --help            show this help message and exit
 -i FILE, --in FILE    PDB input file (default: stdin)
 -o FILE, --out FILE   PDB output file (default: stdout)
 -y, --nohyd           remove all hydrogen atoms (default: no)
 -d, --dry             remove all water molecules (default: no)
 -s STRIP_ATOM_MASK, --strip STRIP_ATOM_MASK
                      Strip given atom mask, (default: no)
 -m MUTATION_STRING, --mutate MUTATION_STRING
                       Mutate residue
 -p, --prot            keep only protein residues (default: no)
 -a, --amber-compatible-residues
                       keep only Amber-compatible residues (default: no)
 --constantph          rename GLU,ASP,HIS for constant pH simulation
 --most-populous       keep most populous alt. conf. 
                           (default is to keep 'A')
 --keep-altlocs        Keep alternative conformations
 --reduce              Run Reduce first to add hydrogens. 
                           (default: no)
 --no-reduce-db        If reduce is on, skip using it for hetatoms. 
                           (default:usual reduce behavior for hetatoms)
 --pdbid               fetch structure with given pdbid, should be 
                           combined with -i option. Subjected to change
 --add-missing-atoms   Use tleap to add missing atoms. 
                           (EXPERIMENTAL OPTION)
 --model MODEL         Model to use from a multi-model pdb file (integer).
                      (default: use 1st model). Use a negative number to
                       keep all models
 -l FILE, --logfile FILE
                       log filename
 -v, --version         version
 --leap-template       write a leap template for easy adaption 
                            (EXPERIMENTAL)
 --no-conect           Not write S-S conect record
 --noter               Not writing TER

过程
1.下载PDB文件
我们将使用 RCSB Protein Databank 下载 1ESH，这是一种来自 Brome Mosaic Virus 的小RNA triloop 的 NMR 结构。进入 pdb 数据库，在搜索栏中输入 PDB ID。

点击实际条目。你会看到一个蓝色的 "download files "图标。点击它并选择 pdb 文件。

pdb 文件只包含 1ESH 的最低能量结构。文件中仍有其header信息。

2.使用 pdb4amber 将 PDB 文件转换为 Amber 格式

> pdb4amber 1esh.pdb > 1esh.amber.pdb

=====================================================             
Summary of pdb4amber for: 1esh.pdb
=====================================================

----------Chains
The following (original) chains have been found:
A

---------- Alternate Locations (Original Residues!))

The following residues had alternate locations:
None
-----------Non-standard-resnames


---------- Mising heavy atom(s)

None
>

结论
完成图 1.1 的前两个步骤后，您就可以使用 LEaP 制作拓扑（prmtop）和坐标（inpcrd）文件了。有关拓扑和坐标文件以及 Amber 信息流程的更多信息，请阅读《Amber手册》第 1.1 节。

为此，您必须加载一个描述系统中分子势能的力场。不同类型的分子（如 DNA、RNA、蛋白质、脂质、碳水化合物）使用不同的力场。要了解力场的更多信息，请参阅《Amber手册》第 3 节。

有关使用 LEaP 构建系统的更多信息，请返回 "构建系统 "教程页面，查找与您的系统相关的信息。

作者：Jan Ziembicki 和 Maria Nagan

参考：
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial9/index.php