Amber中的信息传递——章节1.2-第三部分

程序列表

Amber 包含大量旨在帮助您进行化学系统计算研究的程序，而且发布的工具数量还在定期增加。 本节列出了 AmberTools 包含的主要程序。 这里列出了套件中包含的每个程序，并简要介绍了其主要功能，同时提供了相关文档参考。 对于大多数程序，在不带参数的情况下执行时会打印使用说明。

AddToBox： 用于向晶胞中添加溶剂分子的程序。参见第 20.3 小节。
amb2chm_par.py： 用于将 AMBER dat 和/或 frcmod 文件转换为 CHARMM PAR 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。
amb2chm_psf_crd.py： 用于将 AMBER prmtop 和 inpcrd 文件转换为CHARMMPSF 和 CRD 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。
amb2gro_top_gro.py： 将 AMBER prmtop 和 inpcrd 文件转换为 GROMACS top 和 gro 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。
CartHess2FC.py： 利用 Seminario 方法根据笛卡尔黑森矩阵推导力常量的程序。参见第 18.2.5 小节。
car_too_files.py： 根据 car 文件生成 mol2 和 PDB 文件的程序。 参见第 18.2.8 小节。
ChBox： 用于更改 Amber 重启文件方框尺寸的程序。参见第 20.4 小节。
IPMach.py： 用于简化离子非键模型参数化的 python 程序。参见第 18.2.2 小节。
MCPB.py： 优化工作流程的 MCPB python 版本。见第 18.2.1 小节。
MMPBSA.py： 根据 MM/PBSA 近似法对轨迹进行后处理以计算结合自由能的程序。参见第 37 章。
mol2rtf.py： 将 mol2 文件转换为 CHARMM RTF 文件的程序。参见第 18.2.9 节。
OptC4.py： 优化蛋白质系统金属-位点-复合物中的 C4 项。参见第 18.2.4 小节。
PdbSearcher.py： 是 MTK++ 中 Pdbsearcher 程序的 python 版本。参见第 18.2.3 小节。
PropPDB： 传播 PDB 结构的程序。参见第 20.2 小节
ProScrs.py： 用于将蛋白质片段切割成簇并封顶的程序。参见第 18.2.7 小节。
UnitCell： 从 PDB 结构中重新创建晶体学单元格的程序。参见第 20.1 小节
am1bcc： 由 antechamber 调用的程序，用于在配体参数化过程中计算 AM1-BCC 电荷。 它可以作为独立程序使用，在输入不带参数的程序名时打印选项。参见第 16.3 节
ambpdb： 用于将 Amber 系统（prmtop 和 inpcrd/restart）转换为 PDB、MOL2 或 PQR 文件的程序。参见第 34.1 节
ante-MMPBSA.py： 用于为 MMPBSA 创建必要的、自一致的 prmtop 文件的程序，只需一个起始拓扑文件。参见第 37.2.2 小节
antechamber： 用于配体和其他小分子参数化的程序。参见第 16 章
atomtype： 由 antechamber 调用的程序，用于判断输入结构中的原子类型。 可作为独立程序使用。参见第 16.3 节
bar_pbsa.py： 该程序用于从炼金模拟中准备放电轨迹，以进行 BAR/PBSA 结合自由能分析。参见第 39 章
bondtype： 一个由 antechamber 调用的程序，用于判断给定输入结构中存在哪些类型的化学键。可作为独立程序使用。参见第 16.3 节
ceinutil.py： 用于创建恒定氧化还原电势输入（cein）文件的程序。参见第 27.1 节
cestats： 从恒氧化还原电位模拟中计算氧化还原状态统计数据的程序。 参见第
27.6
charmmlipid2amber.py： 用于将 CHARMM-GUI 脂质生成器创建的 PDB 转换为 Amber 和 AmberTools 程序可识别的 PDB 的脚本。
cpinutil.py： 用于创建恒定 pH 值输入 (cpin) 文件的程序。参见第 26.2 节
cpeinutil.py： 用于创建恒定 pH 值和氧化还原电位输入 (cpein) 文件的程序。参见第 27.1 节
cpptraj： 用于轨迹后处理和数据分析的通用程序。参见第 35 章
cphstats： 一个通过恒定 pH 值模拟计算质子化状态统计数据的程序。参见第 26.7 节
elsize： 用于估算给定输入结构的有效静电尺寸的程序。参见第 4.2.1 节
espgen： 一个由 antechamber 调用的程序，用于在配体或小分子参数化过程中生成 ESP 文件。
espgen.py： espgen 的 python 版本。参见第 18.2.6 小节。
finddgref.py： 用于自动查找恒定 pH 值和恒定氧化还原电位模拟所需的 Delta G 参考值的程序。参见第 26.5.1 小节
fixremdcouts.py： 该程序可对任何复制交换模拟（包括 MultiD-REMD）的 CPout 和/或 CEout 文件进行排序。见第 25.3.10.4 小节
fitpkaeo.py： 该程序可根据多个 CPout 或 CEout 文件的 cphstats 或 cestats 输出，自动拟合所有可滴定残基的 pKa 或标准氧化还原电位值。
ffgbsa： 一个计算 MM/GBSA 能量的程序，是 amberlite 软件包的一部分。
FEW.pl： 自由能计算自动化程序。参见第 38 章
gbnsr6： 计算基于表面积的广义博恩溶解自由能的程序。参见第 5 节
genremdinputs.py： 该程序用于生成任何 Replica Exchange 仿真（包括 MultiD-REMD）的输入文件（mdins、groupfile 和 remd-file）。参见第 25.3.3 小节
hcp_getpdb： 用于向拓扑文件 (prmtop) 添加必要部分的程序，以便用于 HCP GB 近似计算。参见第 42.6 节
makeANG_RST： 用于创建角度约束的程序，可与 sander 的 nmropt=1 工具配合使用。
makeCHIR_RST： 一个创建手性约束文件的程序，与 sander 的 nmropt=1 设备一起使用
makeDIP_RST.cyana： 根据 CYANA 中的偶极子信息制作限制文件的程序，与 sander 的 nmropt=1 设备一起使用。
makeDIST_RST： 一个利用 sander 的 nmropt=1 设备制作距离约束的程序。
mdgx： 一种显式溶剂 PME 分子动力学引擎。参见第 17 章
mdout_analyzer.py： 用于快速分析和绘制 sander/pmemd 输出文件数据的脚本。参见第 34 节
metalpdb2mol2.py： 用于将金属离子的 PDB 文件转换为 mol2 文件的脚本，特别适用于 MCPB.py 建模。参见第 18.2.10 小节
mm_pbsa.pl： 用于执行 MM/PBSA 计算的较旧 perl 脚本。建议新用户改用 MMPBSA.py。
mm_pbsa_statistics.pl： mm_pbsa.pl 的补充脚本，用于根据已完成的 mm_pbsa 计算结果计算 MM/PBSA 统计量。
mm_pbsa_nabnmode： 用于通过 mm_pbsa.pl 对生物分子进行最小化和常模分析的程序。
mmpbsa_py_energy： 这是一个 NAB 程序，用于使用 GB 或 PB 溶剂模型计算 MMPBSA 的能量。 它可以作为一个独立程序使用，模仿 sander 的 imin=5 功能，但会在 MMPBSA 内部自动调用。请参阅 MMPBSA mdin 文件作为该程序的示例输入文件。提供 -help 或 -hflags 会显示使用信息。
mmpbsa_py_nabnmode： ANAB 程序，用于计算 MMPBSA 的正常模式熵贡献。该程序实际上只能用于 MMPBSA。
molsurf： 根据输入的 PQR 文件和探针半径计算分子表面积的程序。
nab： 核酸生成器。NAB 实际上是一种编译器，它提供了一种松散地基于 C 的便捷分子编程语言。
nfe-umbrella-slice： 处理 NFE 模块中产生的偏置电位的程序。参见第 25.4.8 小节
nmode： 一个过时的程序，用于计算生物分子的法线模式。 我们鼓励您改用 NAB。参见第 42.2 节
packmol-memgen： 用于生成膜模拟系统的工作流程。参见 13.6
mdgx： 通过拟合量子数据改进力场参数。见第 17 章
parmchk2： 分析输入力场库文件（mol2 或 amber prep）并将相关参数提取到 frcmod： 文件中的程序。参见第 16.1.2 小节
parmed： 用于查询和处理 prmtop 文件的程序。见第 15.2 节
pbsa： 用于计算静电和非静电连续溶解自由能的程序。参见第
6
pbsa.cuda： pbsa 的 GPU 加速版本。参见第 6 章
pdb4amber： 用于准备 PDB 文件供 LEaP 使用的程序。参见第 13.4 节
pmemd： 一个性能和并行优化的动力学引擎，实现了 sander 功能的一个子集
pmemd.cuda： pmemd 的 GPU 加速版本
prepgen： 作为技术中心的一部分，用于生成 Amber 预处理文件。参见第 16.3 节
py_resp.py： 一个 Python 程序，扩展了祖先程序 resp 的功能。 参见第 19 章
pyresp_gen.py： 自动为 py_resp.py 生成输入文件的 Python 程序。参见第 19.1 节
pytraj： 绑定到 cpptraj 的 Python 程序。参见第 36 节
quik： GPU 加速的 abinitio 量子化学软件。参见第 9 章
reduce： 一个在 PDB 中添加或删除氢原子的程序。参见第 13.5 节
residuegen： 自动生成琥珀残基模板（即琥珀预处理文件）的程序。 参见
第 16.4.3 小节
respgen： 由 antechamber 调用的程序，用于生成 RESP 输入文件。参见第 16.3 节
rism1d： 1D-RISM 求解器。参见第 7.4 节
rism3d.snglpnt： 用于单点计算的 3D-RISM 求解器。参见第 7.6 节
**sander：**用于运行 Amber 分子模拟的主要引擎。最初是 Simulated Annealing with Nmr-Derived Energy Restraints 的缩写。
saxs_rism： 根据 3D-RISM 输出计算小（广）角 X 射线散射曲线的程序
saxs_md： 根据 MD 轨迹计算小（广）角 X 射线散射曲线的程序
sqm： 半经验（或独立）量子力学求解器。参见第 8 章
tleap： 使用特定设置命令行参数调用 teLeap 的脚本。参见第 14 章
xleap: 使用特定设置命令行参数调用 xaLeap 的脚本。参见第 14 章
xparmed： ParmEd 功能的图形前端（即参数文件编辑和查询）。 参见第15.2