集群LSF作业提交系统Bsub命令使用

bsub，提交给lsf作业的命令。

1.命令格式：
       bsub  [options]   command   [argument]

       bsub   -pack  job_submission_file

2. 参数含义：

      -q    选择队列

      -i     指定输入文件  

      -I      交互模式，此时终端不能输入

     -o     指定输出文件，作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中。

     -e     指定输出文件，作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中。

     -n     指定作业需要的CPU核

     -J     作业的名字

3.命令:

bjobs ：查看系统的job

bsub：提交作业

bhist：查看作业历史

bkill： kill一个作业

4.程序实例:

#!/bin/bash
#BSUB -q smp        （选择队列）
#BSUB -app amber    （应用）
#BSUB -o %J.out      （结果输出文件，以作业号为文件名）   
#BSUB -o %J.err       （错误输出文件，以作业号为文件名）  
#BSUB -a openmpi     （编译器） 
#BSUB -n 8           （计算核心的数量）
mpirun.lsf sander.MPI -O -i min_2ojn.in -o min_2ojn.out -p 2ojn.top -c 2ojn.crd
-r min_2ojn.rst -inf min_2ojn.inf

 

#!/bin/bash
#BSUB -q smp
#BSUB -n 8
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -a intelmpi
mpirun.lsf  ./并行可执行文件

对于得到的job.sh文件，要修改执行权限，一般使用 chmod 777 job.sh

使用bsub命令进行提交作业：

bsub <job.sh