【芯片设计 - 常用工具 bsub 命令介绍】

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1.1 LSF 简介

LSF（Load Sharing Facility）是IBM旗下的一款分布式集群管理系统软件，负责计算资源的管理和批处理作业的调度。它给用户提供统一的集群资源访问接口，让用户透明地访问整个集群资源。同时提供了丰富的功能和可定制的策略。LSF 具有良好的可伸缩性和高可用性，支持几乎所有的主流操作系统。它通常是高性能计算环境中不可或缺的基础软件。作用上与PBS一样，使用方法略有不同。

LSF用来调度、监视、分析联网计算机的负载。通过集中监控和调用，充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源，一组安装了 LSF 软件的计算机组成了 一个cluster。cluster内的资源统一监控和调度。

bsub 是调用 lsf 的命令。

1.1.1 LSF 常用命令

利用 bhosts 命令可查看当前各节点的空闲情况

利用 bqueues 可以查看现有队列信息

利用 bjobs 可以查看作业的运行情况，bjobs | wc 统计总的 job 数

bjobs -r  #显示正在运行的作业
bjobs -p  #显示等待运行(pending)的作业和等待的原因
bjobs -s  #显显示已经挂起(suspending)的作业和挂起的原因
bjobs -l JOBID #显示JOBID这个作业的所有信息

利用 bjobs -u name 可以查看用户下的具体任务

利用 bkill 命令可以终止某个运行中或排队中的作业，

[ServerA@hmli] bkill 79726
Job <79722 > is  being terminated

bhist -a: 查看已经运行完毕的作业信息

利用 busers 可以查看用户信息

bsub 提交 lsf 作业
bhist 查看历史

bqueues 命令，可以查看队列情况

1.1.2 bsub 命令

LSF 使用 bsub 提交作业，命令格式：

  bsub  [options]   command   [argument]

• -q 选择队列;
• -i 指定输入文件;
• -I 交互模式，此时终端不能输入;
• -o 指定输出文件，作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中;
• -e 指定输出文件，作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中;
• -n 指定作业需要的CPU核;
• -J 作业的名字；
• -w ‘dependecy_expression’ , 提交作业前，指定操作。操作有：
  • done;
  • ended， 如 –e “ended(aaaa*)” ， 表示作业名中有 “aaaa” 的作业完成之后才可以提交作业；
• -W 限定作业运行时间；
• -K 提交作业，并且等待作业完成。当提交作业后，终端打印 “waiting for dispath”。当作业完成后，终端打印 “job is finished”。作业没有完成，不能提交新的作业；
• -J bsub 提交的作业，有一个 JOBID 和 JOB_NAME。JOBID 不可设置,可以指定 JOB_NAME。

1.1.3 常用提交作业的命令

bsub -n x -q queuename -R rusage[mem=10240] -i inputfile -o outputfile COMMAND

• -n x 代表了提交作业需要的线程数；
• -q 指定作业提交到的队列，如果不采用 -q选项，系统把作业提交到默认作业队列；
• -R rusage 指定任务需要10G内存；
• inputfile代表程序需要读入的文件名；
• outputfile 代表一个文件，作业提交后标准输出信息将会保存到这个文件；
• COMMAND 则是用户要运行的程序，使用8个cpu运行任务。

对于串行作业，COMMAND 可以直接使用程序名。 例如，将编译可执行的程序 mytest 的通过LSF提交：

bsub -n 1 -q q_default -o mytest.out ./mytest

对于MPI并行作业，COMMAND 的格式为 -a mpich_gm mpirun.lsf PROG_NAME。 例如，将并行程序 mytest，通过 LSF 提交，使用16个线程运行这个作业：

bsub -n 16 -q q_default -o mytest.out -a mpich_gm mpirun.lsf ./mytest

通过 busb 命令，将编译可执行的 a.out 文件 提交 6 次作业：

-J 参数，执行作业的名字;
-o 参数指定 lsf 执行该可执行文件的输出，保存到指定文件。

最后要等待前面 6 个作业完成，才执行第7个作业，只是打印信息，可以通过以下 bsub 命令：

 bsub –I –w “ended(aaaaaaaaaa*)”  echo “a.out finished”

• -I 参数，表示和终端交互，后续提交的任务要等这个任务完成后，才可以提交；
• -w ”ended..” 指定该作业要等作业名中有 aaaaaaaa 的作业都完成后，才可以提交。

执行的过程中，通过 bjobs 命令，可以查看作业情况。对于最后一个任务，状态是 PEND 的，因此要等之前的任务都完成之后，才可以执行；

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