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临床数据分析方案
桓峰基因公众号推出临床数据分析方案教程，整理如下：
临床数据 5. 如何构建微卫星不稳定性结直肠癌预后评分系统？
克隆进化生信分析教程
我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：
如何玩转多发性骨髓瘤克隆进化研究？
多发性骨髓瘤突变最典型的，最适合做克隆进化研究的癌种，由于其原发灶就包括多个不同部位的取样，对于肿瘤克隆亚型的分析特别有利，无论是肿瘤的进化，还是肿瘤的用药过程，都是非常好的素材。
那么我们通过下面完整的课题设计思路看一个数据的分析策略，其实有很多分析我们都可以去尝试，幸运的话会出现意想不到的结果！！！
多发性骨髓瘤的形成
多发性骨髓瘤是一种由一种叫做浆细胞的白细胞形成的癌症。健康的浆细胞通过产生识别和攻击细菌的抗体来帮助你对抗感染。
在多发性骨髓瘤中，癌变的浆细胞在骨髓中积聚，排挤健康的血细胞。癌细胞不是产生有益的抗体，而是产生可能导致并发症的异常蛋白质。
多发性骨髓瘤并不总是需要马上治疗。如果多发性骨髓瘤生长缓慢，没有引起体征和症状，你的医生可能会建议密切监测，而不是立即治疗。对于需要治疗的多发性骨髓瘤患者，有许多选择可以帮助控制疾病。
多发性骨髓瘤分布及患病情况
1.MM约占血液系统恶性肿瘤的13%；
2.发病率为 6 people per 100,000 people in China；
3.黑色的人受感染的几率是白人的两倍；
4.男性的患病率高于女性；
5.诊断的中位年龄为58岁；
6.55岁至74岁之间都是流行高峰；
7.流行率和发病率明显低于北美、
澳大利亚和西欧与日本和韩国在同一范围内。
多发骨髓瘤的克隆进化
浆细胞白血病的多步骤进化路径图
这一过程中的每一步似乎都是亚克隆获得生长优势的结果，而亚克隆在转化浆细胞克隆相关的临床表现中占主导地位。
在每一阶段，疾病的遗传复杂性将增加，因为如果有足够灵敏度的检测方法，疾病的每一前期阶段也应可被检测到。
在浆细胞白血病中，由于快速生长和克隆扩增，前阶段的水平可能明显较低。
浆细胞增生是一类异质性疾病，其特征是骨髓浆细胞增生。浆细胞的恶性转化取决于导致一系列明确定义的疾病阶段的事件的连续性，从
意义不明的单克隆丙种球蛋白血症(MGUS)到冒烟型多发性骨髓瘤(SMM)再到症状性多发性骨髓瘤(MM)。恶性前细胞向恶性细胞的进化，以及肿瘤的进一步进展、传播和复发，需要多个驱动病变的发展，赋予优势克隆选择优势，并允许在微环境和治疗的选择压力下进行后续进化。这种自然选择过程促进了肿瘤的可塑性，导致了遗传复杂和异质性肿瘤的形成，这些肿瘤是出了名的难以治疗。因此，更好地了解MM中肿瘤进化的机制和识别驱动癌前克隆进化的病变是开发有效治疗和长期疾病控制的关键。在这里，我们回顾了最近的进展克隆进化模式MM，重点是临床意义。
浆细胞异常的进化
原发性和继发性遗传事件都需要a post-GC B cell向MM的恶性转化。随着时间的推移，新的遗传事件在恶性浆细胞中积累，影响亚克隆的适应性，导致一些亚克隆的进一步扩大，另一些亚克隆的灭绝。从MGUS/SMM到MM的进展是由亚克隆竞争(也可能是其合作)和肿瘤微环境的同步变化驱动的。(1)分支克隆进化——SMM向MM进化的主要进化模式，随着时间的推移，一些亚克隆(粉色、浅蓝色)消失，另一些亚克隆(红色、紫色、棕色)出现;(2) SMM向MM发展的静态克隆进展-进化模式，其中肿瘤的亚克隆结构不随时间发生显著变化。
多发性骨髓瘤克隆进化的主要模式
每种颜色代表一个子克隆，在进化过程中产生的后代亚克隆用箭头标记。从这篇文章总结来看主要有三种进化模式：线性进化，支型进化和中性进化，克隆进化模式的判断可以参考 “Clone 2. 肿瘤克隆进化之不同进化模”。
治疗期间多发性骨髓瘤的克隆进化
抗癌治疗形成强大的选择压力，改变癌细胞的克隆进化过程。然而，尽管敏感亚克隆被根除，抗癌治疗通常倾向于选择最初出现在肿瘤肿块或在治疗过程中出现的耐药亚克隆。
在Corre等人的一项研究中(表1)，大多数患者在MM进展过程中观察到肿瘤(亚)克隆结构的变化。治疗耐药的出现可能是由于在抗骨髓瘤治疗期间或在最小残留病(MRD)阶段MM进一步进化过程中选择了先前存在的亚克隆或获得了新的亚克隆突变。在三分之一的患者中，突变谱保持不变，但据报道出现了新的CNV(主要是amp(1q21)和del(1p))。虽然患者接受了同质治疗，但在治疗过程中没有观察到特定的突变谱，这表明遗传上不同的肿瘤在不同的进化模式下发展。在一项类似的研究中，使用靶向测序来分析抗骨髓瘤治疗期间MM的克隆进化，结果一致。
表1
每种颜色代表一个子克隆。(A)耐药亚克隆在MRD阶段进化，成为显性疾病复发的来源;(B)在抗骨髓瘤治疗期间，预先存在的亚克隆的选择和新亚克隆的形成(用星号标记)。(C)治疗期间多发性骨髓瘤亚克隆结构的变化，一些亚克隆(绿色、浅蓝色、黄色、紫色、淡紫色)被选择，其他亚克隆消失（粉色、深蓝色）。
在资源匮乏但人口众多的国家，由于老年多发性骨髓瘤患者的发病率将在未来十年增加，因此从医学和社会经济角度来看，多发性骨髓瘤应成为人们关注的癌症之一。其潜在的病理生理机制有待进一步研究。
1. 多发性骨髓瘤的诱因并不明确
2. 克隆亚型的肿瘤不清晰
3. 恶性浆细胞的异质性尚不明确
4. 原发灶与复发灶之间的突变基因的差异，克隆进化过程猜想
5. 相同治疗条件下：
病情进展快与进展慢之间的比较获得biomarker:
I.诊断
II.预后
III.用药
多发性骨髓瘤研究方法流程
研究可能的结果
A.中国人的MM突变图谱
B.中国人的克隆进化模式
C.人种之间的突变差异性
D.用药的生物标准物
E.预后的生物标志物
组学适用样本选择
样本要求
以上分析内容利用桓峰基因公众号上的教程完全可以实现这些图表的绘制，过程需要自己细致的探究，同时也需要有一定的生信分析和结果解读的能力，有需要此类分析的老师可以联系桓峰基因！
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References:
1. Jones JR, Weinhold N, Ashby C, et al. Clonal evolution in myeloma: the impact of maintenance lenalidomide and depth of response on the genetics and sub-clonal structure of relapsed disease in uniformly treated newly diagnosed patients. Haematologica. 2019;104(7):1440-1450.
2. Salomon-Perzyński A, Jamroziak K, Głodkowska-Mrówka E. Clonal Evolution of Multiple Myeloma-Clinical and Diagnostic Implications. Diagnostics (Basel). 2021;11(9):1534. Published 2021 Aug 25. doi:10.3390/diagnostics11091534
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