TCGA数据下载：R包TCGA2STAT

最新推荐文章于 2024-04-05 02:30:00 发布
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分类专栏： R 文章标签： r语言
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版权 
BiocManager::install("CNTools")
tcga2stat <-
  "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/TCGA2STAT/TCGA2STAT_1.2.tar.gz"
download.file(tcga2stat,
              destfile = "~/Downloads/TCGA2STAT_1.2.tar.gz")
install.packages("~/Downloads/TCGA2STAT_1.2.tar.gz",
                 repos = NULL, type = "source")
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TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍
求知：数据科学家之路
10-13 1万+
上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。 R包的下载 install.packages("TCGA2STAT")选择如何的镜像，咱们在中国，就选择china，这样的话下载速度会很快，也容易安装R包成功。 可下载的数据 1、 RNASeq ，默认是count类型，是指下载raw read cou
TCGA数据下载：R包RTCGA介绍
求知：数据科学家之路
10-23 7161
前几天去外地参加婚礼，中间耽误了好些时间，没能做好持续更新博客，感到罪过好大啊。想到自己始终以Scalers的持续迭代进步为导航准绳，这次中断了，做了蛮久的事又要重新再来。 根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序J继续来介绍R包RTCGA包。 R包下载 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bio
TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包
weixin_49320263的博客
08-12 3219
TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包
新版TCGA数据转录组表达数据下载及整理（R语言）
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weixin_52486108的博客
04-05 1万+
新版TCGA转录组数据整理——R语言（傻瓜式代码）
TCGA数据下载及全流程分析（更新中）
01-20
一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(GDCRNATools) 下载好之后运行，以COAD数据为例，下载： library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma
TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍
求知：数据科学家之路
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昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。 R包的下载 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R") biocLi
典型相关分析matlab实现代码-TCGA-Survival:TCGA生存
05-20
首先，使用misc/TCGA_preprocessing.R脚本在本地获取数据。 在本地计算机上创建一个文件夹 使用下载的数据的存储路径更改data_dir变量 逐行运行文件或获取文件 默认情况下，将下载所有癌症的RNA-seq数据并将其另存为...
典型相关分析matlab实现代码-TCGAsurvival:分析TCGA数据的脚本
05-20
首先，使用misc/TCGA_preprocessing.R脚本在本地获取数据。 在本地计算机上创建一个文件夹 使用下载的数据的存储路径更改data_dir变量 逐行运行文件或获取文件 默认情况下，将下载所有癌症的RNA-seq数据并将其另存为...
TCGA数据下载方法简介
求知：数据科学家之路
10-12 2万+
TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位，多三维地图之间的合作的TCGA数据集，其包含基因组数据的两个以上的PB的，已取得公开可用，以及该基因组信息有助于癌症研究界，提高预防，诊断，和治疗癌症。自从2016年6月份
tcga数据下载_手把手教你用R下载TCGA数据:CGDSR包
weixin_39965283的博客
11-19 816
各位科研芝士的朋友，大家好，今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题，之前，给大家推出了网页版cBioportal工具，进行数据下载，在上期中我们看到UCSC-XENA对应的R包UCSCXenaTools，那么cBioportal有没有对应的R语言工具包呢？如果你还记得之前的cBioportal推文，那么这个答案就是肯定的，这个包便是cgdsr。还记得它吗？cBioportal上面我们可以看到，...
生信小白菜之两大R包获取TCGA数据
yangyulu1998的博客
03-26 1563
生信技能树 数据挖掘课程结合公众号推文学习笔记。
tcga数据下载_使用R包下载TCGA全部癌症的somatic突变信息
weixin_39671964的博客
11-19 1931
半年前我就系统性的介绍过：TCGA的pan-caner资料大全(以后挖掘TCGA数据库就用它) 还专门指出了癌症的somatic突变的maf文件问题：TCGA数据库maf突变资料官方大全 但是最近收到学员的反应，TCGA的maf文件开始控制下载了，下面是提问详情：非常久之前，整个TCGA数据库的全部数据都是提供下载的，包括fastq,bam,vcf, 但是呢，后来因为保护病人隐私，就只开放maf...
TCGA数据下载和整理工具----GDCRNATools
高锦的博客
01-04 1万+
TCGA数据下载和整理的网站及软件发表很多了，比如Broad GDAC Firehose, Oncomine, TCGAbiolinks，TCGA-Assembler, TCGA2STAT，RTCGAToolbox等等，这些网站或软件要么使用的是TCGA更新前的数据，要么运行起来比较繁琐。当然各个工具都有其优势所在。 之前在论坛里分享了自己下载和整理TCGA数据的Python代码。最近忙里偷
TCGA数据下载：R包RTCGAToolbox介绍
求知：数据科学家之路
10-24 8182
前面介绍了3种获取TCGA数据的方法：使用TCGA2STAT、TCGAbiolinks、RTCGA。这里再介绍一个包：RTCGAToolbox包，这个包是我最为推荐的，原因是我使用时它下载数据最快、最为稳定可靠。 RTCGAToolbox下载方法 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioconduc
R语言TCGA数据下载及处理biolinks包的学习与使用（一）数据下载
m0_58549466的博客
01-13 1万+
TCGA数据使用biolinks包处理（一）数据下载
TCGA数据库的学习-系列一
Cassiel60的博客
04-26 3176
最近一直跟着曾老师的B站视频学习TCGA的相关知识,get到了很多以前很多新技能。以前也只是知道TCGA是权威癌症数据库，平时的工作也只是在里面找下癌症的热点基因和位点，以及看下文章。 原来还可以下载TCGA的数据库，做一些其他的事，比如：拿这些数据进行自己研究结论的论证，或者是全面比较癌症的亚组（人种、突变与否、年龄、肿瘤分级），针对性获取数据并展示。 研究思路是： 1.从TCGA公共的数...
TCGA癌症中英文及缩写名称对应表
热门推荐
永远想不起来更新的博客
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最近一直在做生物信息有关的数据库，需要到TCGA上下载数据，就把TCGA和SangerBox上可以看到的癌症型的中英文以及缩写全部查找翻译对应列了出来，可能不太口语化或者专业，就简单理解吧。如下： 缩写 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urotheli...
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