TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍

最新推荐文章于 2024-07-20 14:50:48 发布

茁壮小草

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文章标签： TCGA

本文链接：https://blog.csdn.net/xxzhangx/article/details/52819785

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本文介绍了R包TCGAbiolinks的使用，该包用于下载TCGA数据，包括多种数据类型。建议在R环境下而非RStudio中进行下载，以获得更好的效果。参考TCGA2STAT数据介绍，并查阅TCGAbiolinks的官方文档以了解不同平台和数据类型的下载详情。通过实验操作来进一步理解和验证下载过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。

R包的下载

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
biocLite("TCGAbiolinks")

涉及的包很多，可能很久才能下载完，下载建议使用R，不要用Rstudio，效果更好。

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TCGA简易下载工具.zip

12-03

该工具可以简化TCGA数据库的下载步骤，合并TCGA数据库中下载的文件挺不错的一个资源，亲测可用，如果需要的话，就赶紧来下载吧!!

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以下是TCGA数据下载及处理的R语言脚本：首先，需要安装以下R包：TCGAbiolinks，tidyverse，ggplot2，survival，survminer。 ```R # 安装TCGAbiolinks包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks") # 安装其他必要的包 install.packages(c("tidyverse", "ggplot2", "survival", "survminer")) ``` 接下来，下载TCGA数据。例如，我们下载肺癌（LUSC）的RNA-seq和临床数据。 ```R library(TCGAbiolinks) # Set working directory setwd("your_working_directory") # Download RNA-seq data query <- GDCquery(project = "TCGA-LUSC", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - FPKM", legacy = TRUE, platform = "Illumina HiSeq", file.type = "results", experimental.strategy = "RNA-Seq") GDCdownload(query) # Download clinical data query <- GDCquery(project = "TCGA-LUSC", data.category = "Clinical", file.type = "xml") GDCdownload(query) ``` 接下来，我们可以将下载的RNA-seq数据导入到R中，并进行预处理。例如，我们可以通过log2转换标准化数据并删除低表达基因。 ```R # Load RNA-seq data LUSC_rnaseq <- GDCprepare(query, save = TRUE, save.filename = "LUSC_rnaseq") # Log2 transformation and normalization LUSC_rnaseq$log2 <- log2(LUSC_rnaseq$counts+1) LUSC_rnaseq_norm <- normalizeBetweenArrays(LUSC_rnaseq$log2, method = "quantile") # Remove low expressed genes LUSC_rnaseq_norm_filter <- LUSC_rnaseq_norm[rowSums(LUSC_rnaseq_norm > 1) >= 20,] ``` 最后，我们可以使用survival和survminer包对临床数据进行生存分析和可视化。 ```R # Load clinical data LUSC_clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient") # Merge RNA-seq and clinical data LUSC_data <- merge(LUSC_rnaseq_norm_filter, LUSC_clinical, by = "bcr_patient_barcode") # Survival analysis fit <- survfit(Surv(time, vital_status) ~ 1, data = LUSC_data) ggsurvplot(fit, data = LUSC_data, pval = TRUE, conf.int = TRUE) # Cox proportional hazards model model <- coxph(Surv(time, vital_status) ~ gene1 + gene2 + gene3, data = LUSC_data) summary(model) ```