TCGA数据下载:R包TCGAbiolinks介绍

本文介绍了R包TCGAbiolinks的使用,该包用于下载TCGA数据,包括多种数据类型。建议在R环境下而非RStudio中进行下载,以获得更好的效果。参考TCGA2STAT数据介绍,并查阅TCGAbiolinks的官方文档以了解不同平台和数据类型的下载详情。通过实验操作来进一步理解和验证下载过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

昨天介绍了TCGA2STAT这个R包,今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包,其下载数据类型类似于TCGA2STAT,但是又比它难懂。

R包的下载

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
biocLite("TCGAbiolinks")

涉及的包很多,可能很久才能下载完,下载建议使用R,不要用Rstudio,效果更好。

以下是TCGA数据下载及处理的R语言脚本: 首先,需要安装以下RTCGAbiolinks,tidyverse,ggplot2,survival,survminer。 ```R # 安装TCGAbiolinks if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks") # 安装其他必要的 install.packages(c("tidyverse", "ggplot2", "survival", "survminer")) ``` 接下来,下载TCGA数据。例如,我们下载肺癌(LUSC)的RNA-seq和临床数据。 ```R library(TCGAbiolinks) # Set working directory setwd("your_working_directory") # Download RNA-seq data query <- GDCquery(project = "TCGA-LUSC", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - FPKM", legacy = TRUE, platform = "Illumina HiSeq", file.type = "results", experimental.strategy = "RNA-Seq") GDCdownload(query) # Download clinical data query <- GDCquery(project = "TCGA-LUSC", data.category = "Clinical", file.type = "xml") GDCdownload(query) ``` 接下来,我们可以将下载的RNA-seq数据导入到R中,并进行预处理。例如,我们可以通过log2转换标准化数据并删除低表达基因。 ```R # Load RNA-seq data LUSC_rnaseq <- GDCprepare(query, save = TRUE, save.filename = "LUSC_rnaseq") # Log2 transformation and normalization LUSC_rnaseq$log2 <- log2(LUSC_rnaseq$counts+1) LUSC_rnaseq_norm <- normalizeBetweenArrays(LUSC_rnaseq$log2, method = "quantile") # Remove low expressed genes LUSC_rnaseq_norm_filter <- LUSC_rnaseq_norm[rowSums(LUSC_rnaseq_norm > 1) >= 20,] ``` 最后,我们可以使用survival和survminer对临床数据进行生存分析和可视化。 ```R # Load clinical data LUSC_clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient") # Merge RNA-seq and clinical data LUSC_data <- merge(LUSC_rnaseq_norm_filter, LUSC_clinical, by = "bcr_patient_barcode") # Survival analysis fit <- survfit(Surv(time, vital_status) ~ 1, data = LUSC_data) ggsurvplot(fit, data = LUSC_data, pval = TRUE, conf.int = TRUE) # Cox proportional hazards model model <- coxph(Surv(time, vital_status) ~ gene1 + gene2 + gene3, data = LUSC_data) summary(model) ```
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值