TCGA数据库的学习-系列一

最近一直跟着曾老师的B站视频学习TCGA的相关知识,get到了很多以前很多新技能。以前也只是知道TCGA是权威癌症数据库，平时的工作也只是在里面找下癌症的热点基因和位点，以及看下文章。

原来还可以下载TCGA的数据库，做一些其他的事，比如：拿这些数据进行自己研究结论的论证，或者是全面比较癌症的亚组（人种、突变与否、年龄、肿瘤分级），针对性获取数据并展示。

研究思路是：

1.从TCGA公共的数据库下载要分析癌症的相关数据，包括lncRNA,miRNA,编码蛋白基因的表达数据以及对应病人的临床数据。

2.分别就lncRNA,基因,miRNA比较癌症和癌旁组织中的表达差异。

3.分别对差异的miRNA靶向lncRNA,miRNA靶向基因进行预测。

4.结合miRNA靶向lncRNA,基因构想ceRNA调控网络。

5.ceRNA网络中的基因,lncRNA进行表达量的相关性分析。

6.ceRNA网络中的miRNA，基因,lncRNA进行生存分析。

7.ceRNA网络中的基因进行GO,KEGG功能富集分析。

有了分析思路，首先就是下载数据，TCGA官网上的数据都放在了GDC里面，如果找不到对应的网页，可以google tcga gdc 那么首行就是你要的网页，进入后点击Repository，进入进行下载数据的页面ÿ