安装R包cellassign--单细胞测序细胞注释包

cellassign的安装需要依赖于tensorflow（一个python机器学习经典库）,可以根据以下步骤进行安装：先安装R包tensorflow然后通过R包tensorflow安装安装python模块tensorflow，最后安装cellassign，如：

install.packages("tensorflow")
library(tensorflow)
install_tensorflow()

可是，在执行install_tensorflow()的时候，报错，找不到相关的Python环境，如下： 

Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python3

解决办法是创建一个python的conda虚拟环境r-tensorflow，如下：

conda create -y -n r-tensorflow python=3

随后通过keras包将R使用的python环境改为使用conda虚拟环境r-tensorflow， 如下：

install.packages("keras")
library(keras)
keras::use_condaenv("r-tensorflow", required = TRUE)

将tensorflow安装到conda虚拟环境r-tensorflow中，重新执行以下代码即可完成安装：

library(tensorflow)
install_tensorflow()
## 等待下载安装，中间出现了两次报错，这个python库比较大，可能是网速的原因，在第三次安装的时候成功安装

通过github安装cellassign，我通过BiocManager::install('cellassign')报错，可能时我的Bioconductor版本太新了。

library(devtools)
install_github("Irrationone/cellassign")
## install_github("Irrationone/cellassign")跑完后已经显示安装成功，DONE(cellassign)
## 通过BiocManager::install('cellassign')会出现报错，版本不对：package ‘cellassign’ is not available for Bioconductor version '3.13'

以上操作安装过程我是在终端中完成，安装完成后，当我回到Rstudio-server进行使用时发现加载包过程中发生报错，提示仍然没有安装上， 如下：

library(tensorflow)
library(cellassign)
# 错误: package or namespace load failed for ‘cellassign’:
#  loadNamespace()里算'cellassign'时.onLoad失败了，详细内容：
#  调用: fun(libname, pkgname)
#  错误: Tensorflow installation not detected. Please run 'tensorflow::install_tensorflow()' to continue...

因此，我在想是否命令行中R安装的python模块在Rstudio-server中识别不到，所以就想按照在命令行中的方式在Rstudio-server中再安装一遍：

library(tensorflow)
install_tensorflow()
## Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python3 ## 这个报错跟上述一样，可借助conda环境解决。
library(keras)
keras::use_condaenv("r-tensorflow", required = TRUE)
## Error: Unable to find conda binary. Is Anaconda installed?

后面这个报错就有点匪夷所思了，为什么找不到我新建的conda环境r-tensorflow呢？

经过多番操作，最后想到可能时Rstudio不能识别我的conda环境r-tensorflow在哪里，需要给它一个绝对路径（这个在终端中安装的时候是不需要的，终端能自动找到要使用的conda环境。）

在补充路径后，果然能成功解决这个问题：

keras::use_condaenv("~/biosoft/miniconda3/envs/r-tensorflow", required = TRUE)
library(tensorflow)
library(cellassign)
# 2021-08-18 09:04:50.711063: I tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:49] Successfully opened dynamic library libcudart.so.10.1

或许在以后每次使用该包之前，都需要指定一下R使用的python环境，即：

keras::use_condaenv("~/biosoft/miniconda3/envs/r-tensorflow", required = TRUE)

本文仅是本人安装R包过程中的一些笔记，希望能帮到有需要的人。

参考：cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具（9月Nature）_悟道西方-CSDN博客

           Python in R - Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python - Stack Overflow