STAMP学习和使用

STAMP对于otu画图

1.     下载网址：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

点击下载

2.     直接安装

3.     运行步骤

以两组间进行比较为例

准备两个文件：     otu表和分组信息

Otu表行为otu，列为样本

截图如下：

分组信息截图如下

1        File   load data

Profile file 读入OTU表，Groupmetadata file(optional)读入分组信息

在这里点击two groups

此时已经生成各种图形，常用的有PCA图，scatter plot，Extended error bar

2        遇到的问题

2.1        格式最好存为txt格式

2.2        Otu表的行列不能颠倒

2.3        如果表里有空格会直接报错