【无标题】SRA数据下载

最快的下载方式是使用Aspera工具下载
但目前使用Aspera从NCBI上下载会出现连接失败的错误，加上端口命令依旧出错。
可以使用Aspera从ENA数据库中进行下载，且下载完成后直接是fastq压缩形式，不必再从sra格式转回fastq格式。
使用方法如下：
单个下载：
ascp -T -k 1 -l 200m -P 33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR769/ERR769508/ERR769508_1.fastq.gz ./

• ~/asperaweb_id_dsa.openssh

  注意自己服务器上asperaweb_id_dsa.openssh的位置

• era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq

  从ENA数据库中下载连接这部分都是一样的，只需按照一样的格式变更SRA编号即可，若出现找不到文件的错误，可以直接去ENA数据库中搜索，复制下载地址，因为某些数据的下载地址中可能有其他数字编号，例如：/vol1/fastq/SRR105/033/SRR10592633/SRR10592633_1.fastq.gz。

• ./
  代表下载到当前文件夹（加上下载位置是必要的）

批量下载：
ascp -T -k 1 -l 200m -P 33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list test ./Fungi/

1. test 文件

   test是存放类似于：/vol1/fastq/ERR769/ERR769508/ERR769508_1.fastq.gz地址的文件，要单独成行。

可能的错误
之前可以正常使用的命令行突然不能用了，检查了环境配置以及asperaweb_id_dsa.openssh位置，确认没错，那可能是网速问题（基于他人的经验），或许等一段时间可以正常使用。
我已经等了一天了。。。。