trajectory inference methods

最新推荐文章于 2023-05-24 15:56:48 发布
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文章标签： 生物信息学
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trajectory inference methods

TSCAN

源码

https://github.com/zji90/TSCAN

使用手册

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TSCAN/inst/doc/TSCAN.pdf

SlingShot

源码

https://github.com/kstreet13/slingshot 或
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/slingshot.html

使用手册

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/slingshot/man/slingshot.pdf

西西弗斯快不快乐
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【slingshot】trajectory inference
DerekRusso的博客
04-18 678
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Scanpy(五)小鼠造血数据的Trajectory inference
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06-01 1949
本篇内容将用Paul于2015年的数据实现轨迹分析。在此之前，先回顾PAGA：结合轨迹推断和聚类的工具。首先，导入工具，注意为了正常绘制下面的力导向图，我们需要提前安装： 对数据进行进一步探索： 注意标签，其实Ery是红细胞erythrocytes的简化符号标记（这种简化在PAGA论文中有说明）。下面我们以比默认“float32”更高的精度去实验，以确保在不同的计算平台上得到相同的结果。 预处理和可视化 这里，我们使用sc封装的简单预处理方法（该方法来自zheng于17年的工作）： 然后，进行主成分分析：
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Terrasolid-tscan官方教程
02-24
Terrasolid tscan 官方教程，全过程讲解，配合实际案例
NBT|45种单细胞轨迹推断方法比较，110个实际数据集和229个合成数据集
悟道西方
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摘要轨迹推断（Trajectory Inference，TI），是分析从千上万单细胞的组学数据中推断细胞发育轨迹的重要方法，也被称为伪时序分析 (pseudotime analysis)...
A comparison of single-cell trajectory inference methods
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悟道西方
02-02 511
临床数据一般是使用图表汇总Table1的方式进行展示，例如R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表或者gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器”。今天介绍一个可视化展示方式，funkyheatmap-R包 ， 可以为基准数据生成热图式可视化的函数，可以使用列和行的注释对其进行微调 。效果如下一 载入R包，数据首先安装funkyheatmap 包，1）先使用mtc...
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05-10
这些动态过程可以通过轨迹推断（Trajectory Inference，TI）方法（又称伪时间分析）进行计算建模。通过计算相似的表达模式，将细胞沿着一条轨迹排序，结果通常是线性的、分叉的或树状的。但是，最近的一些方法还可以...
dynmethods:通用界面中的50多种轨迹推断方法的集合:inbox_tray::outbox_tray:
05-10
55种轨迹推断方法的集合 该软件包包含用于轨迹推断（TI）方法的包装器。 每种方法的输出都使用转换为通用的轨迹模型，从而可以轻松地进行。 所有方法都包装在docker容器中，这避免了依赖性问题，也使添加新方法变得...
伪时序分析文献阅读——PAGA
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PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells PAGA：图抽象通过生成单个细胞的拓扑结构并保存其映射来调节聚类和轨迹推断 （在保留细胞图谱的基础上，完成细胞轨迹的推断，其实就是统一聚类和轨迹推断的空间结构） F. Alexander Wolf1 , Fiona K. Hamey2, Mireya Plass3,
基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结
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09-08 4304
细胞状态转换轨迹构建示意图（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014） 在各种生物系统中，细胞都会展现出一系列的不同状态（如基因表达的动态变化等），这些状态（state）之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程，从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞。此外，细胞在受到外界刺激或扰动时，细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化，从而呈现出一系列...
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关于细胞分化轨迹学习小笔记相关学习文章一、学习框架1.降维 相关学习文章 链接1: Reversed graph embedding resolves complex single-cell trajectories–2017（ 《Nature Methods》被引量40）. 链接2: Reconstruction of complex single-cell trajectories using...
考研复习-英语二真题考试题集-带答案
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英语二考研真题复习资料，带答案版
2024中美独角兽公司发展分析报告.pdf
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全球各大洲独角兽企业分布、中美独角兽企业对比（数量、估值、新增及退榜情况、行业分布、所在城市）、
C++ 中的异步编程模型是什么
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在C++中，异步编程模型是处理并发任务、提高程序性能和响应性的关键技术。以下是C++中实现异步编程的几种主要方式： 每种异步编程模型都有其适用场景和优缺点。选择合适的模型可以提高代码的可读性、可维护性和性能。随着C++标准的不断发展，异步编程模型也在不断进化，为开发者提供了更多的工具和选择。 在实际开发中，应根据具体需求选择合适的异步编程模型。例如，对于简单的异步任务，回调函数可能是最直接的选择；而对于需要结构化错误处理和结果获取的复杂异步任务，std::async和std::future可能更合适；在需要高效资源管理的场景下，线程池是一个不错的选择；而对于需要编写大量异步代码的现代应用程序，协程提供了一种更简洁、更直观的解决方案。 总之，C++中的异步编程模型是多核和高并发环境下提高程序性能的重要工具。通过合理使用这些模型，开发者可以构建出更高效、更可靠的软件系统。
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轨迹变换器（trajectory transformer）是一种用于模式识别和目标跟踪的算法或技术，它可以将一个运动物体的轨迹在时空上进行变换和调整，以更好地分析和理解其运动特征。 轨迹变换器通常基于计算机视觉和机器学习的...
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