基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结

最新推荐文章于 2024-09-30 14:08:09 发布

AIPuFu

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分类专栏：单细胞测序生物学医学文章标签：生物信息学单细胞测序生物学医学大数据

本文链接：https://blog.csdn.net/AIPuFu/article/details/100631760

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本文介绍了细胞状态转换轨迹的概念，通过单细胞转录组测序技术研究细胞状态间的转变，重点讨论了Monocle、Waterfall、Wishbone、TSCAN等方法，并引用Saelens等人的研究对比了45种细胞轨迹构建方法的性能，强调了选择方法时要考虑数据特性和轨迹复杂性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

细胞状态转换轨迹构建示意图（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014）

在各种生物系统中，细胞都会展现出一系列的不同状态（如基因表达的动态变化等），这些状态（state）之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程，从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞。此外，细胞在受到外界刺激或扰动时，细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化，从而呈现出一系列状态的转换。

这些特别提一下，细胞状态（cell state）和细胞亚型（cell subtype）是两种不同的概念。一种类型的细胞，可进一步细分为不同的亚型（cell subtype），这些亚型是相对稳定的。而不同的细胞亚型受到外界刺激或扰动时，可能展现出不同的状态（cell state），这种状态是暂时。

利用单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq）技术对相应的样本进行测序后，就可基于单细胞测序数据具体研究不同细胞状态间的转换过程，中文常称作细胞轨迹的构建或拟时间序列的构建，英文叫cell trajectory/lineage and pseudotime reconstruction/inference。其中pseudotime，中文翻译为拟时间，一种假定的时间序列。这