Gephi使用

Step by step

Gephi官网
https://gephi.org/.

1.导入数据

根据数据性质选择有向或者混合。
文件——打开——选中需要分析可视化的数据。
Gephi支持多种数据格式，常用gxef、gml和csv。
分析绘图时点开概览，让我们需要用到的工具窗口显示出来。

2.布局可视化

布局——选择Force Atlas——调整斥力强度（使得图像美化、直观）——运行——停止

需要时，可以调整边的粗细，全局观察图片。

这一步非常重要，否则我们的图看起来毫无规律和美可言。
布局以前：

布局以后：

3.考虑拓扑性质

窗口右边统计——选中我们需要计算的拓扑性质——运行
运行以后的拓扑性质可以体现在可视化中，如果我们不选中进行计算，可视化中是没有这些信息的。另外计算的拓扑性质也会单独生成报告。

以聚类系数为例，选中计算以后。我们希望节点的颜色深浅表示聚集系数，节点的size表示度。
外观——节点——颜色——ranking——clustering coefficient——应用；

外观——节点——大小——ranking——设置节点的size范围——应用。

可视化结果如下，此时通过颜色深浅可以辨析节点的聚集系数的大小，通过节点的size辨析节点度的大小。此时，会有一些大的节点覆盖小的节点，我们可以在布局设置中勾选“由尺寸调整”，从而使几点错开可视化。

4.显示节点标签

显示节点标签，并设置节点标签大小与节点size成正比。

截取局部：

5.社团发现

使用模块算法对节点分类，不同颜色可视化结果。
统计——网络概述——模块化——运行；
外观——节点——颜色——partition；（调色盘选择前几种颜色）

6.过滤处理

过滤一方面是过滤噪音，另一方面可以帮助我们精简图形发现规律。
右边窗口过滤，选择我们需要过滤的信息范围。
以下是过滤了度小于5的节点。

附：
networkx教程
https://networkx.github.io/documentation/stable/tutorial.html.
https://www.osgeo.cn/networkx/reference/index.html.
https://hui-liu.github.io/blog/networkx-%E7%AC%94%E8%AE%B0/.