ncbi查找目的基因序列_多基因联合建树---序列串联/连接

目前很多研究都是将不同的基因片段串联一起进行系统发育分析。这里讨论三个问题：

• 串联基因片段的方法
• 串联之前的检验
• mtDNA和nDNA(Nuclear)是否可以串联的问题（不同来源的基因是否可以串联）

一、串联基因片段的方法

串联法(Concatenation)：先将不同物种之间的每个单拷贝基因单独进行多序列比对，然后将这些比对后的单拷贝基因进行首尾相连串接成一个supergene矩阵，最后将这个supergene用于构建系统发育树。（序列串联不等于序列拼接，序列串联是将不同的基因片段连接，然后构建系统发育树，例如，将COI gene和16S gene连接）。将多个基因片段 (相关英文文章中，一般写成loci/loca，可以翻译成基因座，其实就是基因片段）串联进行系统发育分析可以提供比单个基因分析更多更准确的信息。不同的基因由于进化速速率及进化时间的关系，有效的信息位点不一，其分辨力存在差异，为此，将基因序列进行串联，增加有效信息位点数量，这一方法被称之为多位点序列分析（Multi-locus Sequence Analysis, MLSA），不是多位点序列分型(MLST)。

推荐一篇相关的文章（引用2000+）：