构建系统发育树~序列对比 MEGA、MAFFT(图文教程)


前言

构建进化树的流程为:整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础,主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。


一、MEGA进行序列对比

刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0,首先点击Align→Edit/Build Alignment,会弹出一个对话框,点OK,弹出第二个对话框,根据自己的序列选择,我选择DNA序列

会弹出另一个对话框,点击Edit→Insert Sequence From File ,打开自己整合后的fasta文件

 打开之后,进行序列对比,点击Alignment→Align by ClustaW,然后使用默认参数,点击OK,

然后我的电脑就卡死了哈哈哈哈哈哈

 一般来说,MEGA更适用于较少的较短的序列对比,而且对比后还要删除相应的gap,再去建树分析,而我的序列很长也很多,所以当我点完OK后这个软件就歇菜了。短序列对比可以用MEGA,但是mafft太好用了,我以后可能都不会用MEGA对比序列了

二、mafft序列对比

打开mafft需要找到他的安装包,解压后在文件夹内打开

打开后页面是这样

一般我会将我要对比的序列文件放到这个文件夹下面,然后直接将文件夹拖入@后,然后点回车键,出现如下页面,在Output file后面输入自己想要输出文件的路径,然后回车

出现新选项,选择4,回车

然后选1,回车

回车,回车,输入Y,回车

然后运算就开始了

等运算结束后,可以直接在输出的文件夹内找到新的FASTA文件,这个输出的文件就可以直接用于构建系统发育树啦


总结

序列对比首选mafft

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回答: MEGA是一种常用的软件工具,用于构建系统发育。通过对基因序列或蛋白质的对比分析,MEGA可以根据进化关系推断物种之间的亲缘关系,并生成系统进化。 在构建系统发育时,MEGA使用了Bootstrap法进行检验。Bootstrap法通过随机重组原序列生成新的序列,并重复估算模型,来评估分支的可信度。如果在新的Bootstrap中,分支的出现频率较高,则说明该分支的可信度较高。分支在Bootstrap中出现的频率可以作为分支可信度的参数。MEGA生成的系统发育包括两种类型,即Original Tree和Bootstrap Consensus Tree。Original Tree是步长检验构建的最优系统,它包含了计算得到的距离数据,可以准确表示基因的亲缘关系。而Bootstrap Consensus Tree是通过多次Bootstrap得到的平均结果,它不包含进化距离信息,而是用分支频率参数表示分支的可信度。需要注意的是,Bootstrap Consensus Tree的拓扑结构可能与Original Tree不完全相同。因此,在使用MEGA构建系统发育时,可以根据需要选择使用Original Tree还是Bootstrap Consensus Tree来解读物种的进化关系。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [如何使用MEGA软件构建系统发育_速成实用经验](https://blog.csdn.net/HUANWEIFENXI/article/details/120116129)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

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