ACOPTools:一步步帮你快速、高效构建多基因联合系统发育树

一般建树流程有以下几步：
1，数据收集，网上下载别人的序列+自己测序的序列数据
2，多序列比对，利用mafft等软件进行多序列比对
3，利用如gblocks等软件对比对好的序列进行修剪
4，最后，利用建树软件进行建树

    目前，应用最多的系统发育树构建软件有RaxML,mrbayes,PAUP,MEGA等等...而在建树流程的前几步是非常枯燥繁琐且费时的，不仅需要下载很多别人的序列，多基因建树时还需要在序列修剪后将其一条一条串联联合起来，而这需要花费大量的时间。而在你终于万事俱备的时候，你还需要进行额外的一步操作——将你的序列转化为以上建树软件要求的格式...

   这里推荐一个软件工具ACOPTools,它能帮你从序列下载开始，一步步帮你快速准备建树前期工作，一直到使用建树软件建树为止。

ACOPTools主要有序列合并、下载、比对、修剪、串联拼接和转格式功能。
1、序列合并
   当自己的序列测序完成后，可以通过合并功能把一条条的序列（可以是.seq格式或.fasta格式）合并为一个fasta格式文件，该文件包含了所有的序列。
2、序列下载(只能下载NCBI上的序列)
   序列下载提供了两种下载序列的方式：通过选择txt文本下载和通过excel表格下载
   1：text，将你需要下载的序列的NCBI编号如图放入txt文档中，使用下载功能时选择该文档即可。