seqkit根据基因id_RNA-Seq项目常见问题与解答

这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热，RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中，有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了，花儿开了，今天福利也到了，我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总，各位老师可以按需自取哈。

1．如何判定生物学重复一致性的高低？生物学重复统计方法及公式

答：(1)皮尔逊相关系数r可以作为生物学重复相关性的评估指标，理想的生物学重复试验r20.92。考虑到个体差异、取材环境、时间以及人员操作熟练程度等因素对测序数据的影响，一般r20.8为可接受范围。

(2)Pearson(皮尔逊)相关系数：皮尔逊相关也称为积差相关(或积矩相关)是英国统计学家皮尔逊于20世纪提出的一种计算直线相关的方法。

2．DEG基因用Transcripts还是Unigenes？

答：DEG基因用的是Unigene。

3．transcript-id代表什么意思？为什么有的基因有多个transcript-id？

答：基因转录本id；因为可变剪切的缘故，一个基因可能有多个转录本。

4．在miRNA鉴定中，可能成为miRNA的reads是怎样计算的？哪些条件会影响到mrd值？micro

RNA在不同组织有异构体的存在，是如何处理的？

答：与 Rfam， miRbase， RepBase和 Exon\Intro 序列库进行比对，获得 sRNA

注释信息，以此作为预测新的 miRNA 的基础。

miRNA的鉴定是利用miRDeep2软件进行已知及新(保守及非保守)的miRNA鉴定。miDeep2会在reads比对到基因组上的位置两端分别延伸75、15bp进行结构预测，此软件认为极可能与可能是miRNA的根据是通过mrd值来区分的，mrd>-10为可能，mrd>0为极可能；

影响mrd值的有reads在基因组上的分布和碱基结合的自由能等；

5．对于有生物学重复的项目，怎样计算差异基因？

答：两两比对使用的是R的EBseq包,

是基于负二项分布检验的方式对reads数进行差异显著性检验，重复间的比对使用的是R