计算机辅助抗体设计,Discovery Studio

分子动力学(Simulation):

l新增Multi-Site Lambda Dynamics method(MSLD):用于计算大型类属库分子的相对结合自由能，更好地进行先导化合物的筛选优化；

图1：通过MSLD方法计算组合库中分子的相对结合自由能

l新增显式膜结构的跨膜蛋白的分子动力学计算。提供多种类型的磷脂膜结构，同时支持自定义膜类型；

图2：在POPC显式膜内溶剂化的hERG离子通道

l优化了分子动力学的计算步骤，每一个计算步骤都可以通过作业提交系统进行资源分配；

lQM/MM升级为64位可执行程序。

药效团(Pharmacophores):

l新增Ensemble Pharmacophore Generation：从一组活性配体生成一组共同特征的药效团。活性配体使用2D指纹进行聚类。对于每个聚类，从聚类中心选择5个配体，然后使用共同特征药效团算法创建药效团；

l新增Interaction Pharmacophore Generation：从受体-配体复合物的非键相互作用出发产生药效团模型；

图3:依据受体-配体非键相互作用产生药效团模型

l优化了3D QSAR Pharmacophore Generation的验证方法；

l更新了PharmaDB数据库，容量达到253,818个药效团模型。

蛋白处理(Macromolecules)：

l优化Prepare proteins模块：可以同时处理多个蛋白分子，并添加了并行计算提高计算效率；

l新增Analyze Protein Interface的参数Neighbor Distance Cutoff：用于确定两个氨基酸残基是否相邻。

抗体设计(Antibody):

l新增计算抗体黏度，蛋白溶解度；

l优化抗体人源化计算Predict Humanizing Mutations模块参数，可以同时自定义重链(H)和轻链(L)的V基因和J基因；

l计算聚集的工具面板重命名为Predict Protein Formulation Properties。

分子对接(Receptor-Ligand Interactions):

lGOLD接口支持最新版GOLD程序，可实现共价对接功能；

l新增核酸分子与配体分子的2D相互作用图；

l优化了非键相互作用中配体疏水作用的定义方法。

毒性预测(TOPKAT)：

l新增解释TOPKAT计算结果的内容，帮助更好理解Toxicity Prediction(TOPKAT)和Toxicity Prediction (Extensible)计算的结果。

操作教程

新增教程：

nAdding an explicit membrane to a transmembrane protein：“跨膜蛋白添加显式膜结构”教程

nCalculate relative binding free energies using Multi-Site Lambda Dynamics：“MSLD计算相对结合自由能”教程

nGenerating ensemble pharmacophores from large data sets：“从一组活性配体生成一组共同特征的药效团”教程

nGenerating interaction pharmacophores from a protein-ligand complex：“通过受体-配体相互作用产生药效团模型”教程

程序版本和库更新

Ø支持Pipeline Pilot 2020

ØCHARMm版本更新至c43b2

ØMODELER版本更新至v9.22

ØDmol3版本更新至v2020

ØBlast+版本更新至v2.9

Ø抗体模板库更新至2019年7月

Ø客户端可以重新下载中断的作业(interrupted jobs)

支持

Ø客户端/服务器的操作系统

Ø新增支持OpenSSL1.1.1c

Ø新增支持SLURM