AMBER软件概述 1. AMBER简介 AMBER(Assisted Model Building with Energy Refinement)是一种广泛使用的生物分子仿真软件,主要用于分子动力学模拟、量子力学/分子力学(QM/MM)模拟、自由能计算等。AMBER软件由加州大学旧金山分校(UCSF)的AMBER开发团队维护,该团队自1980年代开始开发这一软件,并持续进行改进和扩展。AMBER软件的核心是一系列的力场参数,这些参数用于描述分子间的相互作用,从而使得模拟结果更加准确和可靠。