Gromacs个人学习 #2 （resp/resp2电荷，GAFFtop文件，抗衡离子，预测电荷）

20240517

gromacs计算流程：

在运行过程中，先形成各个部分的itp文件，再用packmol形成混合体系，根据体系pdb文件的顺序整合top文件，如果体系带电，再添加抗衡离子，之后就可以进行NPT模拟，等体系平衡后们就可以进行md模拟进行计算，之后再对结果进行分析。

GAFF力场拓扑文件生成：

用MS画小分子的模型文件，然后导出为pdb格式，在gaussian view中打开pdb文件并另存为gjf。在gaussian中设置部分计算参数。

由于gromacs没有内置GAFF力场，需要用其他软件生成力场文件后再用gromacs计算。

1）先画分子结构文件pdb，然后在Gaussian view中打开，先用Eidt——clean粗略的优化消除应力，再在calculate中选择合适的参数进行优化；

2)优化完后计算静电势，得到.gesp文件；

3）用acpype生成gromacs文件。

Gaussian的输出文件（*.out (Windows系统下), *.log（Linux系统下））的结尾有Normal termination of Gaussian XX at XXXX ，这就是正常结束。

也可以用.chk文件利用Multiwfn拟合resp电荷。

计算resp电荷：

用gaus