空间组常规分析思路1

1.分子niche

根据基因表达聚类生成了一组分子生态位，需要merge不同的实验组对照组。采用与创建snRNA-Seq图谱相同的方法对斑点进行整合和聚类（若如单细胞一样 还是去了批次的）。使用低分辨率（0.2）来具有与细胞类型生态位相似数量的分子生态。

先可以描述不同的分子生态位主要有哪些细胞类型。

总体而言，分子生态位1在对照区和偏远区样本中富集，而生态位2在边界区样本的受损组织区域中富集。

2.不同组别差异基因

首先通过snrnaseq找差异基因 细胞类型的差异基因
然后可以通过空间转录组找不同解剖位置各自对于实验组对照组的差异基因
下图是单细胞和空间组分布热图

z