【卡路里限制】多器官多类别单细胞分析思路2

最近比较头疼各组织各细胞的联合分析，重新读了一遍之前的文章。做了整理。
文章是2020年刘光慧组Caloric Restriction Reprograms the Single-Cell
Transcriptional Landscape of Rattus Norvegicus Aging。

1.各组小鼠的生理指标：血糖含量、生存期、饮食摄入、体重，白色脂肪组织中脂肪细胞的大小，各器官SA-b-Gal染色，LINE1-ORF1p（基因组不稳定性以及SASP),促炎细胞因子肿瘤坏死因子-a (TNFa)在血清中(免疫衰老)。

各类细胞在不同组织器官的分布。在atlas的下面。
3.细胞生态系统的变化（细胞比例的变化）
细胞比例的变化，联系干细胞耗竭.
免疫浸润，各类器官免疫浸润，拿出来中性粒细胞和浆细胞，老了从bm到全身各处，cr给他缓解。拟时序分析。
4.差异基因

首先各个器官搞了一张差异表达热图（感觉没啥生物学结论），是总体的各个器官的差异表达，没有具体细分到细胞类型
但是可以看什么器官受cr和aging影响最大。
玫瑰图可以继续说明哪些受衰老和卡路里限制最大

这些分析强调了衰老和CR的组织特异性效应，并表明多组织比较可能为更好地理解衰老和CR的机制提供更全面的画像

然后分析cr rescue的 gene在各个器官共同涉及的生物学作用
各个器官overlap的cr rescue 基因。

通过这些common patway以及gene 进行进一步分析。

5.细胞类型特异性的差异分析，找到最受衰老或者cr影响的细胞类型（差异基因多）
各个细胞类型共同rescue的基因，可以统计上调下调的频率。
继续做Ybx1敲除实验。验证

验证营养感知通路 gene还有sasp gene
AMPK, AMP-activated protein kinase signaling pathway; ILS, insulin-like signaling pathway; mTOR,
mammalian target of rapamycin signaling pathway; PPAR, peroxisome proliferator-activated receptor signaling pathway.
6.tf 调控网络分析
调节各类细胞衰老DEG的tf。
（看起来输入是deg？各个细胞类型的DEG?）在这里插入代码片
Cebpb/Cebpd 调节免疫、脂质形成的。
7.细胞通讯分析
cr可以擦除相关免疫细胞通讯，文章是每个器官不同细胞类型互相做分析，发现ec细胞的关键作用，然后擦除的受体配体互作（定义为衰老中有，年轻和cr没有）多是细胞因子-细胞因子，go分析。
6.性别差异 引入性别变量 分析一遍之前的答题流程