RNAcmap--predicting contact maps of RNAs by evolutionary coupling analysis

RNAcmap: a fully automatic pipeline for predicting contact maps of RNAs by evolutionary coupling analysis

Year: 2021
Authors: Tongchuan Zhang, Jaswinder Singh, Thomas Litfin, Jian Zhan， Kuldip Paliwal and Yaoqi Zhou
Journal Name: Bioinformatics

Research Objective

提出一中全自动的进化耦合分析( evolutionary coupling analysis )方法

Method

RNAcmap 结构如下所示

首先进行同源搜索，即使用 BLAST-N 在 NCBI 数据集中搜索，找出序列相似度高的 RNA 序列集合( MSA-1 )，共识二级结构( CSS, consensus secondary structure )由 RNAfold 或 SPOT-RNA 获得。将 MSA-1 和 CSS 输入 INFERNAL 中在 NCBI 数据集中进行第二轮搜索，找出序列相似度高的 RNA 序列集合( MSA-2 )。 之后，使用 MSA-2 进行进化耦合分析，生成 $L\times L$ 大小的矩阵为碱基间的联系图，其中 $L$ 为 RNA 序列的长度。