GraphDTA:用图神经网络预测药物-靶点结合亲和力
论文题目 | GraphDTA: Predicting drug–target binding affinity with graph neural networks |
---|---|
论文出自 | bioRxiv preprint,2020 |
使用图神经网络来预测药物与靶标的亲和力。将药物表示为分子图,因此该模型可以直接捕获原子间的键。
一、GraphDTA模型图:
将药物-靶标对作为输入数据,并将该对的亲和力作为输出数据。
分 3 个阶段工作:
1.将药物的 SMILES通过RDKit转换为分子图,通过深度学习算法学习药物表示。
2.蛋白质序列被编码和嵌入,几个一维卷积层学习序列表示。
3.将两个表示向量连接起来并通过两个完全连接的层来估计输出的药物-靶点亲和度值。
对于蛋白质:
1.首先对蛋白质序列进行分类编码,其中每个字符由一个 128 维向量表示。
2.接下来,三个一维卷积层用于从输入中学习不同级别的抽象特征。
3.最