基因测序分析

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B题 基因测序分析
附件中数据是来自Gene Expression Omnibus 的 microRNA序列集(GEO)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc¼GSE79017)。microRNA是长度为18-30个核苷酸,在多种生物过程中起到重要调节作用。数据集有三个类,其中肝12例,尿18例,肾18例从血浆中,用832个microRNAs进行测量。数据里大约占所有数值的66.1%和832个数值中的127个所有样本的microRNA都等于零。除去这127个microRNAs,其余的基因中仍有59.9%的,microRNAs值为0。请基于对数据分析和分类处理解决以下问题:
1、给出不同水平值microRNA在生物过程中起到的作用;
2、在问题1的基础上,考虑训练样本是两个类别,检验样本有三个类别如何进行分析和分类处理,不同水平的microRNA在生物过程中的作用发生了何种变化.
3、分析如果给出的microRNA的测序值有误差时,对结果有何影响。
数据读取处理后的结果:
在这里插入图片描述

变为excel后的结果:
在这里插入图片描述

上述题中问题一直接使用主成分分析法确定影响不同microRNA权重,分析影响程度及作用
问题二我们直接使用机器学习中的SVM分类算法即可,具体详细算法代码
针对问题三中的误差对结果的影响,这里就需要采用多项式回归来做了。

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基因测序算法和基因比对算法在基因组研究起到了不同的作用,它们有一些共同点,也有一些差别。 共同点是,两者都是用于分析基因序列的算法。基因测序算法用于确定DNA或RNA序列的顺序,以获取完整的基因组信息。而基因比对算法则是将测得的基因序列与参考基因组进行比较,以寻找相似性和差异性。 然而,两者也有一些差别。首先,基因测序算法更关注于获取基因组的原始序列信息,它可以使用多种方法,如Sanger测序、Illumina测序和第三代测序技术等。而基因比对算法则是将这些测得的序列与参考基因组进行比对,以寻找相同或相似的片段。 其次,基因测序算法通常是一个独立的步骤,它可以得到完整的基因序列。而基因比对算法是在测序后的一个额外步骤,它将测序得到的序列与参考基因组进行比对,以确定它们之间的相似性和差异性。 最后,基因测序算法是一个相对较简单的过程,主要是通过测序仪器进行测序,并进行数据分析和处理。而基因比对算法则更复杂,涉及到序列比对和匹配的算法原理和计算方法的应用。 综上所述,基因测序算法和基因比对算法在基因组研究有一些共同点,但也存在一些差别。前者用于获取基因组的原始序列信息,后者用于比对和分析这些序列与参考基因组的相似性和差异性。

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