SSR检测，定位~MISA,perl

SSR（Simple Sequence Repeat），简单重复序列标记。SSR是以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，或称微卫星序列标记(Microsatellite sequence，MS)，或短串联重复标记( Short Tandem Repeat，STR)

一、MISA检测SSR

官网地址：Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)

打开后如下

 输入自己的邮箱，选择一种方法上载自己的序列(Accession number，FASTA sequence，upload file)，然后输入自己的project name

随后设置参数，可以默认也可以自行调整，最后点start开始

 提交成功后会收到一封邮件，结果出来后会收到一封邮件

二、SSR位置定位

提前将自己misa后的文件放入和脚本一个目录下

使用perl脚本，打开后如下