gmx editconf命令

命令行功能

该命令的主要功能是将pdb或者gro文件中获取得到的分子放在一个盒子中（该盒子作为模拟的单位）

参数解释

-f （指定输入的结构文件）

-o(指定输出结果文件)

-bt (盒子类型)

相当于box type的简写，用来控制要添加的盒子的类型，可选参数：

• triclinic:三斜方体
• cubic：正方体
• dodeahedron:十二面体
• octahedron:八面体

-d （溶液与盒子的距离）

由于盒子是等边长的立方体，因此，我们只用-d参数设定一个距离即可。单位为纳米。

-c（放在盒子中心）

表明将会把分子放在盒子的中心位置。假如没有指定改参数，那么就是单纯的把分子放在盒子中。

-box

指定box的边长，直接-box a b c，a，b,c表示三个数字。指定该参数之后，再生成的文件里的最后一行能看到指定的a,b,c。这里注意，当a,b,c不同时，系统会直接取最小值，作为盒子的边长（因为已经用-bt指定了盒子是一个立方体，边长必然相同）

-center（指定盒子中心的位置）

默认情况下盒子的中心为0,0,0,此时我们可以设置其他的坐标来作为中心，这样分子也会处在我们指定的这个中心上。
比如
我用以下命令加的盒子

gmx editconf -f RIB.gro -o newbox_RIB.gro -d 1.0 -c -bt cubic 

那么它生成的gro文件最后的位置信息如下

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail newbox_RIB.gro 
  227ALA     CA 3373   4.453   2.372   1.658
  227ALA     HA 3374   4.354   2.387   1.665
  227ALA     CB 3375   4.499   2.399   1.514
  227ALA    HB1 3376   4.457   2.333   1.453
  227ALA    HB2 3377   4.473   2.492   1.487
  227ALA    HB3 3378   4.599   2.390   1.509
  227ALA      C 3379   4.501   2.233   1.697
  227ALA    OT1 3380   4.454   2.135   1.632
  227ALA    OT2 3381   4.584   2.222   1.791
   8.02702   8.02702   8.02702

此外我利用-center命令指定中心之后

gmx editconf -f RIB.gro -o newbox_RIB.gro -d 1.0 -bt cubic -center 2 2 2 

文件最后的信息如下

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail newbox_RIB.gro 
  227ALA     CA 3373   2.439   0.358  -0.355
  227ALA     HA 3374   2.340   0.373  -0.348
  227ALA     CB 3375   2.485   0.385  -0.499
  227ALA    HB1 3376   2.443   0.319  -0.560
  227ALA    HB2 3377   2.459   0.478  -0.526
  227ALA    HB3 3378   2.585   0.376  -0.504
  227ALA      C 3379   2.487   0.219  -0.316
  227ALA    OT1 3380   2.440   0.121  -0.381
  227ALA    OT2 3381   2.570   0.208  -0.222
   8.02702   8.02702   8.02702

这里可以看出位置信息发生了巨大的变化，但是盒子的大小并未发生改变。

-angles

坐标空间中的坐标之间的角度，默认为90,90,90。