gmx能量最小化

最新推荐文章于 2023-08-17 23:10:58 发布

weixin_43364556

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分类专栏：分子动力学

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文章目录

- - 作用
  - 实例
  - 相关参数
  - - -s
    - -o
    - -e
    - -c

作用

实例

制作mdp文件

这里制作一个用来控制能量最小化过程的mdp文件

;
;minim.mdp，用来作为grompp输入文件，执行后产生em.tpr文件
integrater     =   steep 
;指定算法
emtol          =   1000
;过程终止的条件，当最大的力场小于1000kj/mol/nm的时候停止最小化
emstep         =   0.01
;能量的步伐大小
nsteps         =   5000
;表明最多执行50000步

;下面的参数用来描述如何找出每一个原子的附近原子以及如何计算他们之间的相互作用
nstlist        =   1 
;表明更新周围原子和长距