gmx能量最小化

作用

实例

制作mdp文件

这里制作一个用来控制能量最小化过程的mdp文件

;
;minim.mdp，用来作为grompp输入文件，执行后产生em.tpr文件
integrater     =   steep 
;指定算法
emtol          =   1000
;过程终止的条件，当最大的力场小于1000kj/mol/nm的时候停止最小化
emstep         =   0.01
;能量的步伐大小
nsteps         =   5000
;表明最多执行50000步

;下面的参数用来描述如何找出每一个原子的附近原子以及如何计算他们之间的相互作用
nstlist        =   1 
;表明更新周围原子和长距离力场的频率
cutoff-scheme  =   Verlet
;
ns_type        =   grid
;表明决定周围原子列表的方法
coulombtype    =   PME 
;长距离的电相互作用的处理
rcoulomb       =   1.0 
;短距离电相互作用的cutoff
rvdw           =   1.0
;段距离的范德华力的cutoff
pbc            =   xyz
;周期性边界

生成可执行文件

执行命令

 gmx grompp -f minim.mdp -c solv_RIB.gro -p topol.top -o minimize.tpr

能量最小化

gmx mdrun -s minimize.tpr  -o minimize.trr -e minimize.edr -c minimize.gro

数据处理

gmx energy -f minimize.edr -o potential.txt

随后会让选择输出的能量的类型,这里我们选择10

Opened minimize.edr as single precision energy file

Select the terms you want from the following list by
selecting either (part of) the name or the number or a combination.
End your selection with an empty line or a zero.
-------------------------------------------------------------------
  1  Bond             2  U-B              3  Proper-Dih.      4  Improper-Dih. 
  5  CMAP-Dih.        6  LJ-14            7  Coulomb-14       8  LJ-(SR)       
  9  Coulomb-(SR)    10  Coul.-recip.    11  Potential       12  Pressure      
 13  Vir-XX          14  Vir-XY          15  Vir-XZ          16  Vir-YX        
 17  Vir-YY          18  Vir-YZ          19  Vir-ZX          20  Vir-ZY        
 21  Vir-ZZ          22  Pres-XX         23  Pres-XY         24  Pres-XZ       
 25  Pres-YX         26  Pres-YY         27  Pres-YZ         28  Pres-ZX       
 29  Pres-ZY         30  Pres-ZZ         31  #Surf*SurfTen   32  T-rest        

10

Last energy frame read 300 time  379.000          

Statistics over 380 steps [ 0.0000 through 379.0000 ps ], 1 data sets
All statistics are over 301 points (frames)

来检查一下输出的势能的结果文件的内容,第一列表示时间，第二列表示我们选择的势能的类型的值得变化。

13 @    title "GROMACS Energies"
 14 @    xaxis  label "Time (ps)"
 15 @    yaxis  label "(kJ/mol)"
 16 @TYPE xy
 17 @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
 18 @ legend on
 19 @ legend box on
 20 @ legend loctype view
 21 @ legend 0.78, 0.8
 22 @ legend length 2
 23 @ s0 legend "Coul. recip."
 24     0.000000  20403.781250
 25     1.000000  20351.132812
 26     2.000000  20217.048828
 27     3.000000  19944.531250
 28     4.000000  19334.289062
 29     5.000000  18066.109375
 30     6.000000  16427.228516
 31     7.000000  16058.583984
 32     8.000000  15333.791016
 33     9.000000  15015.767578
 34    10.000000  14491.464844
 35    11.000000  14221.636719
 36    13.000000  13989.162109
 37    14.000000  12925.730469
 38    15.000000  12727.359375
 39    17.000000  12474.420898
 40    18.000000  12239.990234

相关参数

-s

指定mdp文件转化的tpr文件名称

-o

输出最小化过程中的轨迹文件

-e

输出能量最小化过程总的能量文件

-c

输出能量最小化之后的gro文件