ChAMP分析甲基化芯片数据-QC篇

最新推荐文章于 2025-01-17 21:19:06 发布

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在数据导入阶段，会在探针水平做一些过滤，然后得到探针的表达谱数据。导入成功之后，接下来就可以看下QC 情况。

使用champ.QC函数进行QC,主要是做一些可视化的图表

champ.QC(Rplot = FALSE)
[===========================]
[<<<<< ChAMP.QC START >>>>>>]
champ.QC Results will be saved in ./CHAMP_QCimages/
[QC plots will be proceed with 404383 probes and 8 samples.]
<< Prepare Data Over. >>
<< plot mdsPlot Done. >>
<< Plot densityPlot Done. >>
< Dendrogram Plot Feature Selection Method >: No Selection, directly use all CpGs to calculate distance matrix.
<< Plot dendrogram Done. >>
[<<<<<< ChAMP.QC END >>>>>>>]
[=============