bismark对参考基因组建立索引

分析DNA甲基化的手段有很多，除了甲基化芯片外，还有WGBS和RRBS等实验与高通量测序相结合的手段，不管是哪种策略，都需要对DNA进行亚硫酸氢盐处理。

在WGBS和RRBS的分析过程中，最重要就是通过比对识别甲基化位点。原始序列由于经过了亚硫酸氢盐处理，在比对时，为了正确区分甲基化位点和SNP位点，就需要特殊的比对软件。bismark 就是甲基化测序常用的比对软件之一。

bismark 用于将亚硫酸氢盐处理的reads与参考基因组进行比对，并识别甲基化位点。该软件具有以下特点：

1. 一个步骤同时完成比对和methylcation calling;

2. 支持单端和双端数据

3. 支持gapped 和 ungapped 比对

4. seed length 和 错配个数都是允许调整的

5. 可以识别CpG, CHG, CHH 等甲基化位点

软件官网

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/

软件安装

wget https://github.com/FelixKrueger/Bismark/archive/0.19.0.tar.gz
tar xzvf 0.19.0.tar.gz
cd Bismark-0.19.0/
export PATH=$PWD:$PATH

bismark首先对基因组进行两种转换

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