NONCODE:综合性的lncRNA数据库

最新推荐文章于 2024-04-04 09:41:10 发布
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NONCODE数据库是一个综合的非编码RNA数据库，该数据库中包含了除tRNA和rRNA之外的其他类型的非编码RNA信息，其中绝大部分是lncRNA,网址如下

http://www.noncode.org/index.php

目前最新版本为v5, 共包含了17个物种的非编码RNA, 物种和对应的lncRNA数量汇总如下

该数据库通过两个途径收集和整理非编码RNA信息，第一种是通过pubmed进行文献检索，以ncrna, non-coding等关键词检索，然后从文章中提取非编码RNA;第二种是通过已有的数据库，比如RefSeq, GENCODE, lncRNAdb等。

将收集到的所有非编码RNA以gtf和bed格式进行记录，通过compare合并相同转录本，去冗余，对去冗余只有的转录本和基因赋予NONCODE的ID; 然后利用CNCI预测其蛋白编码潜能，只保留CNCI预测结果为non-coding的转录本。

以上可以得到非编码RNA的基本信息，除此之外，还提供了在不同组织或者细胞系中的表达谱，功能预测，在不同物种间的保守性， 相关疾病等注释信息，人类的非编码RNA表达谱从Human BodyMap2.0 项目和

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