Noncoding RNA http:/ /biobases. ibch.poznan.pl/ncRNA/
fRNAdb http:/ /www. ncrna.org/frnadb/
NRED http:/ /jsm- research. imb.uq.edu.au/nred/ cgi- bin/ncrnadb.pl
lncRNAdb http:/ /www.lncrnadb.org/
ncFANs http:/ /www.ebiomed.org/ncFANs/
NONCODE http:/ /www. noncode.org/NONCODERv3/
ChIPBase http:/ /deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
LNCipedia http:/ /www.lncipedia.org
DIANA- LncBase http:/ /www.microrna.gr/LncBase
lncipedia http://lncipedia.org/db/transcript/lnc-C8orf56-1:8
2.1 相关的miRNA-lncRNA, ceRNA调控网络资源:
(1)starBase平台(http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php): 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA (包括了lncRNA,pseudogene, circRNA)的调控关系网络,构建了ceRNA调控网络和提供了长非编码RNA功能预测工具。
此外,starBase还构建了最全面的包含了14癌症类型(>6000个样本)Pan-Cancer(泛癌)表达图谱和互作网络。[Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42:D92-7.]
starBase最新版已经发表在Nucleic Acids Res. (Li et al. 2014 Jan;42:D92-7.)上了,提供了最全面的CLIP-Seq数据支持的miRNA-lncRNA和ceRNA网络。starBase的第一版从2011年发表后,到目前被引用140多次(google scholar),访问10多万次,被选为ESI和Nucleic Acids Res.的Top Paper。只列出CLIP-Seq高通量实验数据支持的miRNA靶向的lncRNA。(由于单纯计算机预测的结果假阳性率非常高,故都不列出。
(2)DIANA-LncBase数据库(www.microrna.gr/LncBase)构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。[Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41:D239-45.]
(3)miRcode:http://www.mircode.org/mircode/,瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点,当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组,包括10419条已经注册的lncRNA。
(4)linc2GO:http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html,清华大学整合的lncRNA功能注释数据库,以竞争性內源RNA(ceRNA)假说为基础的人的lincRNA功能注释。