2018年推文合集

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1. KEGG数据库

KEGG Orthology 数据库简介
KEGG Brite 数据库
KEGG Module 数据库
KEGG COMPOUND 数据库
KEGG Enzyme 数据库
KEGG Reaction 数据库
KEGG Disease 数据库
KEGG Network 数据库
KEGG Drug 数据库
KEGG Genome 数据库
KEGG Genes 数据库
KEGG Glycan 数据库
KEGG pathway 数据库
KEGG API 用法详解上篇
KEGG API 用法详解下篇
color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因
KGML 文件: pathway 信息更加直观的存储方式
KEGGgraph : 根据kgml 文件从pathway中重构出基因互作网络
wikipathway : 代谢通路专用数据库
PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具

2. DNA甲基化芯片

初识DNA甲基化芯片
DNA 甲基化芯片中的bead到底是什么
beta 值和 M 值: 衡量样本甲基化水平的金标准
DNA甲基化芯片探针的P值如何计算
甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么
illumina 官方提供的甲基化芯片分析软件 GenomeStudio - 安装篇
GenomeStudio methylation : 对DNA甲基化水平进行定量
GenomeStudio 中的背景校正和归一化算法
使用GenomeStudio 鉴定差异甲基化位点
minfi 分析甲基化芯片数据-数据导入篇
minfi 分析甲基化芯片数据 - 质量过滤篇
minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇
minfi 分析甲基化芯片数据-差异分析篇
minfi 分析甲基化芯片数据-pipeline篇(附完整代码)
ChAMP R包安装中的事故
ChAMP 分析甲基化芯片数据-数据导入篇
ChAMP分析甲基化芯片数据-QC篇
ChAMP 分析甲基化芯片数据-归一化篇
ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇
ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇
ChAMP分析甲基化芯片数据-GSEA篇
ChAMP 分析甲基化芯片数据-EpiMod篇

3. 甲基化测序

bismark对参考基因组建立索引
bismark 识别甲基化位点-比对篇
bismark 识别甲基化位点
bismark 识别甲基化位点-可视化篇
methylKit 进行差异甲基化分析
bsseq 进行差异甲基化分析

4. DNA甲基化数据库

DiseaseMeth 人类疾病相关的甲基化信息数据库
PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库
iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库
MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库
MethyCancer : 癌症相关的甲基化基因数据库

5. circos软件

Circos 软件的安装详解
circos 配置文件解析
circos 可视化手册-ideogram 篇
circos 可视化手册-ticks 篇
circos 可视化手册-highlights 篇
circos 可视化手册-links 篇
circos 可视化手册-plots篇
circos 可视化手册-scatter plot 篇
circos 可视化手册-line plot 篇
circos 可视化手册-histograms篇
circos 可视化手册-tile 篇
circos 可视化手册- heatmap 篇
circos 可视化手册- text 篇
circos 可视化手册-connector 篇
circos tableviewer 展示表格数据
circos 中堆积柱状图的画法
circos 中的pattern是做什么用的
circos 可视化手册- zooms 篇
circos绘制彩色的links
circos 可视化手册- images 篇
circos 可视化手册- fonts 篇
circos 可视化手册- colors 篇
circos染色体进阶技巧
circos 可视化手册- rules 篇

6. WES/WGS分析

外显子测序简介
GATK4基本概念整理
GATK官方推荐的workflow语言-WDL
GATK4最佳实践-数据预处理篇
GATK推荐的序列存储格式-uBAM
bwa 软件用法简介
MarkDuplicates 的意义与作用
GATK BQSR的意义与作用
GATK4 最佳实践-生殖细胞突变的检测与识别
GATK4最佳实践-体细胞突变的检测与识别
freebayes进行SNP calling
VCF格式介绍
tabix操作VCF文件
dbSNP数据库简介
HGVS制订的变异位点命名规则
HapMap-人类基因组单倍型图谱
1000 Genome Project
gnomAD 数据库简介
ESP数据库简介
OMIM数据库简介
clinvar数据库简介
HGMD数据库简介
COSMIC数据库简介
CADD数据库简介
SIFT score 预测基因突变对蛋白质功能的影响
PolyPhen:分析人类非同义突变对蛋白质的影响
DANN:利用神经网络算法评估变异位点的有害程度
通过Eigen score衡量变异位点的功能重要性
ANNOVAR变异位点注释软件
ANNOVAR gene-based annotation
ANNOVAR region-based annotation-上篇
ANNOVAR region-based annotation-下篇
ANNOVAR Filter-based Annotation
snpEff : 突变位点注释的又一利器
使用SnpSift filter对VCF文件进行筛选
SnpSift学习笔记(一)
SnpSift学习笔记(二)
SnpSift学习笔记(三)
连锁不平衡：linkage disequilibrium
plink PED 文件格式介绍
使用plink进行连锁不平衡分析
采用plink挑选tagSNPs
使用plink进行case/control关联分析
IBS在遗传分析中的运用
Hardy–Weinberg equilibrium
Mendel errors对家系分型数据进行过滤
基于家系数据的GWAS分析
haploview进行连锁不平衡分析
haploview绘制曼哈顿图
bcftools安装简介
bcftools学习笔记(一)
bcftools学习笔记(二)
bcftools进行SNP calling
bcftools csq分析基因突变对蛋白水平的影响
Control-Freec:检测拷贝数变异的神器
LOH杂合性缺失简介
ABSOLUTE评估肿瘤纯度
Varscan检测de novo mutation
breakdancer检测结构变异

7. HLA分型

人类白细胞抗原-HLA简介
IMGT/HLA数据库简介
HLA Dictionary-Allel和抗原之间的对应关系
ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库
HLA Epitope Registry-HLA抗原表位数据库
HLAreporter : HLA分型软件简介
HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果
opitype:对HLA I型基因进行4位分型
seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型
HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型
使用HLAscan进行HLA分型
HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型

8. 基因组组装

基因组组装中的kmer究竟是何方神圣
jellyfish:快速计算kmer分布
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具
GenomeScope评估基因组大小和杂合度
SSRIT:简单重复序列识别工具
Tandem Repeats Finder:串联重复序列查找工具
Dfam:真核生物转座元件数据库
RepeatMasker:查找基因组上的重复序列
soapdenovo2进行基因组组装
velvet软件进行基因组组装
Abyss:基于布隆过滤器的基因组组装软件
ALLPATHS-LG基因组组装软件简介
spades基因组组装软件简介
QUAST:评估基因组组装效果
GAGE:基因组组装评估的金标准
Augustus:真核生物基因结构预测软件-安装篇
GeneMark-ES:真核生物编码基因预测软件
Glimmer:识别微生物中的蛋白编码基因
tRNAscan-SE:预测基因组上的tRNA基因
RNAmmer:预测基因组上的核糖体RNA
barrnap:预测基因组上的核糖体RNA
GtRNAdb:tRNA数据库简介
tRNAdb:综合序列和二级结构的tRNA数据库
Gene Ontology-基因产物功能数据库
AmiGO2:在线浏览和查询GO信息的利器
quickGO:在线查询GO和GO注释信息的网站
GOA:Gene Ontology注释信息数据库
Pfam:蛋白质家族数据库简介
COG:直系同源蛋白数据库
eggNOG:从COG延伸出来的同源蛋白数据库
SMART:蛋白质结构域数据库
Euk-mPLOC:预测真核生物蛋白的亚细胞定位

9. 多序列比对与进化树

使用Clustal进行多序列比对
使用muscle进行多序列比对
使用mafft进行多序列比对
kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具
phyml:基于最大似然法构建进化树
FastTree:速度最快的最大似然法进化树构建软件
Newick: tree文件格式简介

10. 高通量测序质控

cutadapt去除adapter序列
使用fastp对NGS数据进行质量过滤
使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤
使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤
FastQC评估测序数据的质量
fastx_toolkit:处理fasta/fastq文件的小工具

11. 转录组基础分析

详解参考基因组的下载方式
详解人类基因在不同数据库中的ID
GFF文件格式简介
GTF文件格式简介
从UCSC下载基因组的GTF文件
详解GFF转换为GTF文件
gencode-高质量的基因注释信息数据库
hisat2:比对基因组工具简介
STAR:转录组数据比对工具简介
SAM/BAM文件格式简介(一)
SAM/BAM文件格式简介(二)
stringTie:转录本组装和定量工具
sailfish:不需要比对的转录本定量软件
salmon:sailfish的升级版本
kallisto:alignment-free转录本定量工具
使用htseq-count进行定量分析
使用featureCounts进行定量分析
DESeq2归一化算法详解
采用DESeq2对表达量进行PCA和聚类分析
使用DESeq2进行两组间的差异分析
edgeR提供的TMM归一化算法详解
使用edgeR进行两组间的差异分析
负二项分布在差异分析中的应用
详解CPM定量方式
使用ballgown进行转录本水平的差异分析
sleuth:基于TPM值的差异分析
使用limma进行两组间的差异分析
揭秘差异基因功能富集分析
GO.db:存储Gene Ontology信息的R包
详解如何获取物种所有基因对应的GO注释
详解GO的层级关系在富集分析中的应用
使用topGO进行GO富集分析
使用clusterProfiler进行GO富集分析
使用clusterProfiler进行KEGG富集分析
转录组中的基因表达模式聚类分析
使用Mfuzz进行时间序列表达模式聚类分析
使用maSigPro进行时间序列数据的差异分析

12. GSEA

MSigDB:GSEA提供的基因集数据库
GSEA软件使用方法简介
GSEA分析结果详细解读
关于GSEA的几点补充说明

13. WGCNA

加权基因共表达网络，其实并没有那么神秘
WGCNA如何挖掘潜在的共表达基因
WGCNA将共表达基因与表型数据相关联
WGCNA如何从module中挖掘关键基因
WGCNA实战练习

14. PPI

STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介
MINT:蛋白质相互作用数据库简介
IMex和IntAct数据库简介
HPRD:human专属的PPI数据库
BioGRID:蛋白质相互作用数据库
如何从PPI网络进一步挖掘信息
PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
采用igraph包分析网络数据
使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性
通过NetworkAnalyst在线服务构建PPI网络

15. 融合基因

揭秘转录组分析中的融合基因鉴定
使用SOAPfuse进行融合基因的分析
使用FusionMap检测融合基因
使用tophat-fusion鉴定融合基因
使用STAR-fusion进行融合基因的分析
使用EricScript进行融合基因的分析
使用fusioncatcher进行融合基因的分析
融合基因数据库大全

16. 可变剪切

可变剪切的意义和重要性
揭秘可变剪切研究的本质
使用rmats进行可变剪切的分析
使用MISO进行可变剪切的分析
rmats2sashimiplot:可视化rmats的可变剪切结果

17. 转录因子调控网络

TRANSFAC:转录因子及其靶基因数据库
JASPAR:转录因子motif数据库
TFTG:human转录因子靶基因数据库
ENCODE转录因子靶基因数据库
TRRUST:人和小鼠的转录因子调控网络数据库
footprintDB:综合性的转录因子数据库
chipBase:转录调控数据库
转录因子的靶基因，看这一个数据库就够了

18. RNA编辑

RNA编辑简介
RADAR:RNA编辑位点的数据库
DARNED:RNA编辑位点数据库
REDIportal:最大的人类RNA编辑位点数据库

19. microRNA

microRNA简介
miRNA命名规范
mirbase数据库简介
Rfam数据库简介
RNAcentral:非编码RNA数据库
miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库
mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库
miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库
miRcode:人类miRNA结合图谱数据库
TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库
miRanda和mirSVR:预测miRNA结合位点的工具
miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库
TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库
HMDD:miRNA相关疾病数据库
miRCancer:肿瘤相关的miRNA表达谱数据库
mir2disease:miRNA相关疾病数据库
TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库
miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析
MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库
RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation
已知miRNA定量原理揭秘
RNAfold预测RNA的二级结构
mirdeep2识别novel miRNA
GEO数据库架构介绍
GEO数据库中platform信息详解
GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

20. 单细胞转录组

scRNA_seq:单细胞转录组测序简介
使用cell ranger拆分10X单细胞转录组原始数据
使用cell ranger进行单细胞转录组定量分析
cell ranger分析结果详细解读
使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果
Seurat:用于分析10X单细胞转录组数据的R包
使用scater包对单细胞转录组数据进行降维分析
使用Rtsne包进行t-SNE降维分析
单细胞转录组中的pseudotime究竟是什么
使用monocle包进行pseudotime分析

21. lncRNA

NONCODE:综合性的lncRNA数据库
LNCipedia:人类lncRNA数据库
LncBook:综合性的人类lncRNA数据库
lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库
PlncRNADB:植物lncRNA数据库
CANTATAdb:植物lncRNA数据库
GreeNC:植物lncRNA数据库
EVLncRNAs:最大的实验验证过的lncRNA数据库
LncRNA2Target:lncRNA靶基因数据库
Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库
LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库
LncMAP:lncRNA-TF-gene调控网络数据库
MNDR:哺乳动物中与疾病相关的ncRNA数据库
NSDNA:神经系统疾病相关的ncRNA数据库
lncrnadisease:lncRNA相关疾病数据库
lnc2Cancer:lncRNA相关肿瘤数据库
Lnc2Catlas:肿瘤相关的lncRNA数据库
LincSNP:lncRNA相关SNP位点数据库
lncRNASNP:SNP位点对lncNA结构和lncRNA-miRNA影响的数据库
Lnc2Meth:与疾病相关的lncRNA上的甲基化位点
LncACTdb:lncRNA相关的ceRNA网络数据库
LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库
CPAT:转录本蛋白编码能力预测软件
CPC:转录本蛋白编码潜能预测工具
CNCI:转录本蛋白编码潜能预测工具
PLEK:转录本蛋白编码潜能预测工具
LGC:转录本蛋白编码潜能预测工具

·end·

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