文献解读|环状RNA预测软件评估

欢迎关注”生信修炼手册”!

目前利用RNA_seq数据预测环状RNA的软件非常多，为了方便研究人员更好的选择合适的工具，有学者专门评估了以下11款软件的性能

1. CIRCexplorer(CE)

2. circRNA_finder(CF)

3. CIRI

4. DCC

5. find_circ(FC)

6. MapSplice(MS)

7. NCLScan(NCLS)

8. PTESfinder(PT)

9. Segemehl(SG)

10. UROBORUS(UB)

11. KNIFE

括号中为对应的缩写，对应的文献地址如下

https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005420

为了更加全面的评测各个软件的性能，构建了以下四个数据集

• positvie dataset，该数据集基于circBase数据库中已知的14689个环状RNA，采用CIRI-simulator工具模拟出了读长为101bp,插入片段均值为350bp的10M测序reads

• background dataset，该数据集基于UCSC提供的refMrna序列，采用ART工具模拟出双端测序的reads作为阴性对照

• mixed dataset,该数据集就是将以上两种阳性和阴性数据合并

• real dataset，该数据集来自SRA数据库中其他环状RNA