Juicer软件的安装详解

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软件安装是生物信息实战中最基础的技能之一，只有确保软件安装无误，后续使用起来才会得心应手，不会有很多的bug。juicer软件提供了Hi-C数据一键化分析的pipeline, 这样高度的封装使得用户操作起来更加简便，当然分析能力强大的同时其依赖的软件就会越多，安装过程的复杂程度也会有所提高，本文主要记录下该软件的安装过程，可以分为以下几个步骤

1. 安装依赖软件

juicer核心采用java语言进行开发，同时内置了perl, python, bash等开发的脚手架脚本。在序列比对环节使用了bwa软件，而后续操作比对产生的bam文件，会用到samtools软件。所以需要安装以下软件

1. java

2. perl

3. python

4. GNU utils

5. bwa

6. samtools

这些软件是生信领域的基本软件，其安装过程就不详细展开了。

2. 建立目录结构

juicer软件要求一个固定的目录结构，新建一个名为juicer的目录，该目录即为软件的安装目录，在该目录下必须有以下4个子目录