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软件安装是生物信息实战中最基础的技能之一,只有确保软件安装无误,后续使用起来才会得心应手,不会有很多的bug。juicer软件提供了Hi-C数据一键化分析的pipeline, 这样高度的封装使得用户操作起来更加简便,当然分析能力强大的同时其依赖的软件就会越多,安装过程的复杂程度也会有所提高,本文主要记录下该软件的安装过程,可以分为以下几个步骤
1. 安装依赖软件
juicer核心采用java语言进行开发,同时内置了perl, python, bash等开发的脚手架脚本。在序列比对环节使用了bwa软件,而后续操作比对产生的bam文件,会用到samtools软件。所以需要安装以下软件
java
perl
python
GNU utils
bwa
samtools
这些软件是生信领域的基本软件,其安装过程就不详细展开了。
2. 建立目录结构
juicer软件要求一个固定的目录结构,新建一个名为juicer
的目录,该目录即为软件的安装目录,在该目录下必须有以下4个子目录
references
目录用于存放参考基因组相关文件,work
用于存放样本的序列文件和分析结果,scripts
用于存放软件运行所需的脚本ÿ