HiC数据上游处理软件—HiC-Pro安装

juicer和HiC-Pro是hic数据上游处理用得最多的两个工具，掌握其1，则上游分析就可以一招鲜吃遍天！
目前主要使用hic-pro处理上游数据，只有hic-pro上游处理不了的时候才考虑juicer，至于下游完全可以使用其他软件，
官网https://github.com/nservant/HiC-Pro

1，下载依赖文件yml到服务器上：

按照官网指示，开发者已经为我们提供了安装hic-pro工具所需的环境配置信息（这个文件通常是以 .yml 或 .yaml 为扩展名的 YAML 文件，它定义了环境的名称、所需的包及其版本等信息），即environment.yml文件，可以看到其中也指定了name即环境的名称：
name: HiC-Pro_v3.1.0，
实际上等同于conda env create中指定-n参数 HiC-Pro_v3.1.0（-n HiC-Pro_v3.1.0）

此处建议将整个软件文件下载下来，反正因为后面编译软件时候还要用到除yml之外的其他文件。
最新版本3.1.0：

wget软件链接，再tar解压

解压之后的文件夹如下：暂时只用yml配置文件

2，正式依据yml配置文件创建该软件的使用环境，使用conda：

conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV
conda activate WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV
// -f是上一步获取配置文件yml的路径，-p依据上面用法是Full path to environment location (i.e. prefix)，即依据该配置文件所创建的环境应该安装在哪里 （经过测试发现-p实际上既指定环境名称又指定环境所谓文件安装在哪里）
// 个人建议如下：  
//①不使用-p参数：因为yml中已经指定了name参数，也就是相当于conda创建环境名称-n参数，然后我们一般使用conda创建环境，就默认该环境的所有文件都安装在~/miniconda3/envs/环境名称xxx 该路径中，所以实际上没必要指定-p安装在哪里，例如在我的文件路径下：
conda env create -f  ~/software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml   
//这一步实际上就按照yml文件中的配置将一个名称为HiC-Pro_v3.1.0的环境安装在我的~/miniconda3/envs/路径中  
//②使用-p参数：如果你执意要使用-p参数，那么我还是建议你将环境安装在miniconda能管理的envs文件夹中，即我建议你这么做：
conda env create -f  ~/software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml  -p ~/miniconda3/envs/你想要起的环境名称  
//比如说：
conda env create -f  ~/software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml  -p ~/miniconda3/envs/hic-pro
//这样你就还是相当于在miniconda3/envs/创建了hic-pro环境，这个效果和你使用conda create -n hic-pro相同！我个人比较喜欢这种  
//如果你-p参数安装在了其他和miniconda无关的路径中，虽然照样能够激活，但是conda info --envs管理不到该环境，很容易忘记从而丢失这个环境名字，不便于管理

我的安装如下：这下可以直接使用conda activate hic-pro进入该环境了

3，安装的最后一步——完成编译

配置完成环境之后其实软件安装并没有完成，可以看到下面还是有error！

下一步接着按照官网进行操作：

前面的dependency依赖等实际上已经按照yml文件配置好了，所以不用考虑这些软件的安装，像python、R、samtools、bowtie2等，也不用关注最下面SYSTEM CONFIGURATION中这些软件的路径path，因为按照yml文件配置这些软件的时候基本上已经将这些软件添加到环境变量中了，总之：不用管 （担心的话你可以直接在命令行中输入这些软件名称，看看有没有对应文档出现，出现了就是添加到环境变量中了）。
但是下面这个软件安装的路径需要编辑：

如果我们整个config-install.txt文件都不修改编辑，直接空白进行下面的make操作的话：


那么大概率会像https://github.com/nservant/HiC-Pro/issues/393一样报错，

因为如果不提供安装路径的话，我们实际上就会将HiC-Pro这个软件安装到 /usr/local/bin中（默认安装目录），但是在 Linux 系统中，/usr/local/bin 通常是系统级应用程序的安装目录，普通用户没有权限在此目录下写入文件（很多人在服务器上通常没有root、或者sudo的权限，就是一个普通用户），所以还是得将该软件安装在自己家目录下面。
另外注意软件安装之后它会自动创建1个HiC-Pro_v3.1.0文件夹（即当前版本的软件文件，见下）

这意味你提供了路径PREFIX，那么PREFIX/HiC-Pro_3.1.0不能和已知重名，
而我们下载软件的地方如下：

所以不能和software重名。
我就随便安装在家目录下面了，建议不要使用~符号，另外prefix中末尾不带/


这样就没问题了：

然后就可以将其添加到环境变量中了，


接下来就是愉快的玩耍处理该软件了，建议还是激活安装环境之后再用