TAD:拓扑关联结构域简介

最新推荐文章于 2024-11-30 17:50:15 发布
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TAD（拓扑关联结构域）是哺乳动物细胞中的一种染色质结构单元，通过Hi-C基因组互作图谱在100kb以下分辨率下识别。TAD内部互作频繁，而TAD之间互作较少，由DI统计量和隐马尔可夫模型确定边界。研究显示TAD在不同细胞和物种间具有稳定性和保守性，边界处常富集CTCF和其他组蛋白修饰标记，且与基因分布相关。

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利用更低分辨率的Hi-C基因组互作图谱，科学家对染色质空间结构的了解不断深入。本文主要介绍TAD这种结构，TAD全称如下

Topologically Assocaited Domain

中文译作拓扑关联结构域，是一种首先在哺乳动物细胞中发现的染色质结构单元，对应的文章发表在nature上，文章标题如下

Topological Domains in Mammalian Genomes Identified by Analysis of Chromatin Interactions

pubmed的链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3356448/

将Hi-C基因组互作图谱的分辨率提高到100kb以下，发现了互作图谱中出现了一些self-interaction的区域，示意如下

基因组互作图谱本质是一个对称矩阵，对角线两侧的信息是相等的。上图中只取了原始方阵中对角线一侧的信息，所以看上去是一个大的三角形，三角形的底边对应的是原始方阵中的对角线部分。

在上图中，互作强度由弱到强，单元格的颜色由白色过渡到红色。可以看到，在底边出重复出现了一些小的三角形区域，这些区域内部几乎全部是红色，说明这些区域内部的染色质片段间的互作频率高

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使用TADbit识别拓扑关联结构域
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论文解读《StackTADB:一种基于堆叠的集成学习模型，用于准确预测果蝇中的 topologically associating domains(TADs)的范围》
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摘要 染色体由许多不同的染色质结构域组成，可称为拓扑结构域或拓扑关联结构域(TADs)。这些结构域在不同细胞类型之间是稳定的，在物种间高度保守，因此这些染色质结构域被认为是染色体折叠的基本单位，被认为是染色体组织中重要的二级结构。然而，由于高碳数据或实验的高成本和低分辨率，TAD边界的识别仍然是一个巨大的挑战。在本研究中，我们提出了一个新的集成学习框架，称为StackTADB，用于预测TADs的范围。StackTADB集成了四种基本分类器，包括随机森林、逻辑回归、k-邻接和支持向量机。通过对前期研究数据集的
StackTADB：一种基于堆叠的集成学习模型，用于准确预测果蝇拓扑关联域 (TAD) 的边界
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期刊：BIB 论文发表时间： 一、摘要 染色体由许多不同的染色质结构域组成，称为拓扑结构域或拓扑关联结构域 (TAD)。这些结构域在不同细胞类型中是稳定的，并且在物种间高度保守，因此这些染色质结构域被认为是染色体折叠的基本单位，被认为是染色体组织中重要的二级结构。然而，由于 Hi-C 数据或实验的高成本和低分辨率，TAD 边界的识别仍然是一个巨大的挑战。在这项研究中，我们提出了一种新的集成学习框架，称为 StackTADB，用于预测 TAD 的边界。 StackTADB 集成了四种基本分类器，包括随机
TAD结构保守性总结以及TAD鉴定方法
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TAD结构的保守性的研究应该从两方面去看，是不同物种间的保守性，还是人类的不同组织或细胞系之间的保守性。目前还是存在一定的争论，因为最近在做TAD结构的研究，因此总结了一下最近看到的涉及TAD结构保守性的文章以及里面用到的TADs calling的方法。
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拓扑结构域（Topological Domain, TAD）是一种生物学中用于研究基因组组织和功能的结构概念，它通常指的是染色质中的一段区域，其内部相对紧密且与其他区域有较弱的相互作用。TADs有助于理解基因表达的调控以及染色...
癌症研究中HiC数据分析及其染色体拓扑域鉴定
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异常检测——拓扑异常检测（TAD）
shaoyue1234的专栏
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分类 是一种基于密度的outlier detection 思想 它不使用局部密度，而是利用近邻将数据构造成图。 与其他KNN方法不同的是，它不用设定K作为参数，而是设定一个maximal inter-observation distance（被称为图resolution）的参数。在算法中，如果两个点之间的距离小与图resolution，就在他们之间加一个边。当整张图构建完成以后，通过设定一个阈值P...
一文读懂三维基因组
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文章目录一、细胞核 *Nucleus*二、染色质疆域 *Chromosome Territory，CT*三、染色质区室 *A/B compartments*四、拓扑结构域 *Topologically associating Domains，TAD*五、层关联域 *Lamina Associating Domains，LAD*六、核仁关联域 *Nucleolar Associating Domains，NAD*七、染色质环 *Chromatin loops* 每个人体内都有着两米长的DNA，它是如何紧密折叠
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TAD calling 之 insulation score 分析
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1. 导读 本文主要对insulation score 的提出与计算方法进行简要的介绍，并展示一个计算insulation score 的过程。 2. 定义 insulation score 是dekker[1]实验室在2015年发表于Nature上的Condensin-driven remodelling of X chromosome topology during dosage compensation[2]文章中提出的，其主要用于TAD相关的分析与表征，目前insulation score主要用于识
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通过在37种不同细胞类型中合成TAD地图并结合41项基因组关联研究(GWAS)，研究了TAD和TAD边界的疾病关联和演化压力之间的差异。这项研究表明，考虑到跨细胞类型的TAD边界稳定性，可以为理解基因组的功能景观提供有价值的背景，并促进考虑3D结构的变异解释。这为细胞类型感知性遗传变异和疾病关联的解释提供了框架，强调了TAD边界的重要性以及其在进化上的约束。综合来看，这项研究对揭示细胞间遗传变异和疾病关联在3D基因组结构中的作用提供了新的认识，为我们理解基因组功能和疾病机制提供了重要的线索。
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  　DOG 1.0: Illustrator of Protein Domain Structures. 　Jian Ren, Longping Wen, Xinjiao Gao, Changjiang Jin, Yu Xue and Xuebiao Yao.   　Cell Research
立体匹配---TAD算法
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TAD算法用于立体匹配中的匹配待机的计算过程中，以下是对其进行的解释：        以上是TAD算法的相似度度量函数，该函数在自适应权重中也有应用。等号右边，绝对值内部的表示r g b三个通道的像素值差，求绝对值之后再求和，然后和截断阈值T进行比较，最后得出的结果是-差的绝对值的和与截断阈值T之间小的那个！
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在高维数据中，如果想要找到高维数据间的近邻，如果仅仅是使用k-nearnest采样点，由于没有考虑高维数据间的拓扑结构，这样得到的近邻是不准确的，尤其是在进行高维数据间的数据预测（线性插值）时。所以我们要得到的近邻必须保持高维数据间的拓扑结构。         由于在高维空间的拓扑结构是很复杂的，但是在低维数据的拓扑结构是很容易得到的，所以我们可以根据低维数据的拓扑结构得到高维数据的拓扑结构。但
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庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!人类基因组大小在3G左右，这么多的DNA线性排列，完全展开其长度可以达到2米，而细胞直径是微米级别的，这意味着DNA在细胞核内肯定是高度折叠的。众所周知，结构决...
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