TADbit是一个全面的hi-c数据分析工具，提供从FASTQ到3D Models的处理。本文重点介绍其如何通过交互矩阵进行TAD结构域的识别与可视化，包括使用不同可视化策略如热图标记和density plot，并展示了TAD Alignment功能来分析结构域的保守性。TADbit虽然安装复杂，但其强大的可视化效果受到赞赏。
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TADbit是一个hi-c数据分析的软件，提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能，对应的文章链接如下
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5540598/
该软件的pipeline如下图所示
总体分成以下3个功能模块
FASTQ
Interacton Matrix
3D Models
第一个模块从原始的fastq文件开始，对序列进行质量过滤，采用GEM软件将clean reads比对参考基因组，然后进行筛选，构建原始的交互矩阵，并进行归一化处理，得到归一化之后的交互矩阵。
第二个模块用于可视化hi-c交互矩阵，并且可以在交互矩阵的基础上，识别TAD拓扑关联结构域，对TAD进行可视化，聚类等分析。
第三个模块用于构建染色质三维构象的模型，并进行结构分析。
本文简单整理下第二个模块的具体用法，详细步骤如下
1. 可视化hi-c矩阵
该软件采用python进行开发，采用了面向对象的编程思想，首先要做的就是构建一个object, 构建的过程中需要对应的hi-c交互矩阵, 软件自带的测试数据集包含了以
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