使用TCGAbiolinks进行生存分析

最新推荐文章于 2024-05-30 09:13:19 发布
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本文介绍了如何利用TCGAbiolinks进行生存分析。在TCGA数据的典型应用中，生存分析占据重要位置。首先，文章强调了获取患者临床数据的重要性，特别是TSV/JSON和XML两种格式的区别。TSV/JSON格式虽然信息不全，但适合生存分析且更新频繁。TCGAbiolinks支持从GDC下载这两种格式的数据，并推荐使用TSV/JSON进行生存分析。通过这个库，可以便捷地提取临床信息，进行高效的研究。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能，还提供了各种各样的下游分析功能，生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一，通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。

在进行生存分析之前，首先要得到患者的临床数据。在之前的文章中介绍了通过GDC来下载临床数据的方法，在GDC中临床数据有两种形式

  1. XML
    每个样本的所有临床信息以XML的格式进行存储，该文件中包含的临床信息是最为全面的

  2. TSV/JSON
    将需要下载的数据添加到GDCcart之后，可以选择下载tsv或者json格式的临床信息，这种方式得到的信息只是XML中信息的一个子集，缺点就是不够完整，但是对于生存分析而言却是足够了，而且该文件中患者的生存信息比XML文件更新的快。

这两种临床信息的下载方式如下

1.  TSV/JSON

结果示意如下

2. XML

结果示意如下

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